2月初，北京師範大學中國公益研究院發佈《2014中國捐贈百傑榜》(以下簡稱“百傑榜”)，其中披露，阿里巴巴創始人馬雲和阿里巴巴集團董事局執行副主席蔡崇信2014年將合計240億元捐給了境外的一家慈善機構，再加上潘石屹夫婦向哈佛大學和耶魯大學的捐贈，2014年國內八成大額個人捐贈流向境外。

　　2014年4月25日，馬雲和蔡崇信通過阿裏官方微網志宣佈，將成立個人公益信託基金，致力於環境、醫療、教育和文化領域公益，地域涉及中國內地、香港和海外。該基金源於馬雲和蔡崇信在阿裏集團擁有的期權，總體規模為阿裏集團總股本的2%。當時阿里巴巴官微並未透露，馬、蔡的個人公益信託基金將設在何處，以及具體設立時間。

　　2月27日，馬雲就百傑榜中涉及自己的捐贈表示，2014年他和蔡崇信確實向他們成立的個人公益信託基金捐贈了一筆資産。之所以捐贈到海外，是考慮到目前中國公益慈善基金設置制度尚未完善，而且捐贈的是海外上市公司的資産，為了方便早日開展工作，所以只能先把基金註冊在國外，等待國內機構的設立後就立即進入工作。

　　馬雲同時表示，基金註冊在哪兒不等於錢花在哪兒。捐贈之初，他和蔡崇信就達成共識，這筆捐贈的絕大部分，將會用在中國的環境保護、教育、醫療衛生以及中國公益基礎建設和公益人才培養上。

　　3月1日，阿里巴巴公益基金會在給中國青年報記者的書面回復中表示，此前由阿里巴巴集團捐資設立的阿里巴巴公益基金會在民政部註冊，是專注于環境保護的全國性非公募基金會，在資助環保組織發展、推動環境資訊公開、倡導公眾參與環境保護等方面，已經是國內最主要的環保資助基金會之一。

　　同時，阿里巴巴在2014年也已經成為國內最大的網際網路公益平臺，借助阿里巴巴的網際網路平臺，公眾向國內的公募基金會和相關專項基金捐款2.8億元，其中參與公益的淘寶會員數達2.13億，超過11.1億人次，總金額達到2.34億元。

　　在阿里巴巴上市之前，馬雲即著手考慮自己財富的捐贈計劃，並公開了個人捐贈目標。去年年底，非公募性質的浙江馬雲公益基金會已在浙江省民政廳註冊成立。目前，浙江馬雲公益基金會正在等待稅務、財政、民政部門的捐贈稅前抵扣個人所得稅資格認定。

　　該書面回復稱，馬雲個人設在境外的個人基金會是為了能夠比較便利地和優秀的個人或者家族基金會進行交流合作，在國內的捐贈機制趨於完善時，馬雲會考慮直接通過國內渠道進行捐贈。

　　對於馬雲的這一回應，百傑榜的製作和發佈方——北京師範大學中國公益研究院院長助理兼研究部主任章高榮對中國青年報記者表示：“為確保榜單的中立性，百傑榜以公開渠道發佈的資訊為主要來源，這些捐贈資訊必須具有法律效力，同時我們也會從不同資訊來源對這些數據進行交叉認證，以確認有效性。就馬雲和蔡崇信先生的捐贈而言，資訊主要來源於阿里巴巴集團在美國上市時所披露的IPO文件，除此之外也綜合考慮了其他相關新聞報道和消息來源。”

　　章高榮説：“因為該筆捐贈涉及的是境外期權捐贈，在國際上捐贈總額的計算也存在不同的標準，對上市公司與非上市公司的股權計算標準也不同，結合我們獲得的公開資訊和國際通行的計算方法，我們以上市公司股票的市值為依據確認馬雲和蔡崇信先生的捐贈額。概括地説，就是以2014年最後一個證券交易日馬雲和蔡崇信先生捐贈的期權市值減去行權價格得出。不同的計算方法可能導致計算出的捐贈金額不同。”

　　章高榮還表示，即使馬雲在境外設立個人基金會或者個人公益信託，也不妨礙其將主要捐贈資金用於國內。因此，“馬雲對百傑榜的回應，與我們認為的中國慈善稅收政策和公益信託制度不完善，從而不利於慈善家進行大額捐贈的觀點是完全一致的”。

　　四川省成都市新民社會組織發展中心主任馬樹海認為，出現此番爭議是因為國內公益研究還不夠嚴謹、科學。馬雲在回應中也表示，百傑榜“不科學、不嚴謹、不負責任”。馬樹海表示，馬雲計劃要捐出的是股票，沒有表明説2014年要一次性捐出所有股票，因此無法得到百傑榜中有關馬雲捐贈169億元的計算結果。百傑榜以推斷的方式得到2014年大額捐贈總額的數據是不成立的，更無法得出2014年全國八成大額捐贈流向海外。

　　更多的學者呼籲，在我國公益慈善事業發展進程中，一方面政府有關慈善的制度政策應該鼓勵支援新興的行善方式，另一方面公益慈善行業研究應科學，嚴謹，正確引導公眾、輿論對我國慈善事業發展的認知。