與傳統的行幫組織和其他任何工商團體相比，商會的組織體系是最為完整的。商會的組織體系由內部組織系統和外部組織系統兩個部分構成。

　　就內部組織系統而言，商會有嚴密而明確的組織領導體制。商會的最高權力機構是會員大會，因臨時需要而舉行的會員大會稱為“特會”，按規定日期召開的會員大會稱為“常會”或“年會”，一般每年舉行一至兩次。一切重大事務都須經會員大會討論決定，如會費數額之增減、會中公款之動用、會中財産之買賣和抵押、會員之開除或辭退、會章之修汀、會董之選舉，以及其他會長和會董（或稱議董）難以決定之事。

　　會董會議是商會的最高日常領導機構，它由會董組成，由總理、協理(民國以後改稱會長、副會長)領導，一般情況下每週議事一次，遇有重要事情隨時開會討論。會董會議有推舉總理和協理、監察會務、籌議經費、討論會章等許可權。凡較為重大的事務均須由會董會議討論決定，如對犯錯誤會董的處罰，對振興實業計劃的研定，對商務糾紛的裁定等。商會的日常事務則由會董分工負責，如上海商務總會的章程規定:設會計議董(相當於財務主管)2名，以監察會內收支各項款目為職責；設書記議董(相當於秘書長)2名，以監察會內往還電文、公牘、書札、收發條陳等事為職責；設庶務議董(相當於辦公室主任)4名，以監察會內日常事務和對外接待等事為職責；設糾儀議董2名，以監察開會時會議室內規則為職責；設調查議董2名，以監察調查商業及調查各業入會情況，登記會員、會友為職責；設理案議董5名，以監理錢債糾葛、商務糾紛為職責；設中證議董2名，以監察各業商人的契券、合同併為之公證為職責。

　　總理和協理是商會的最高行政領導者，由會董會議在會董中選舉産生。他們的職責是主持會務、籌集經費、稽核開支、裁定會章、秘密裁定各事、聯絡官府等。但他們只能按照章程的有關規定，以及會董會議和會員大會的決議行使職權，不能私自決定重大事務。

　　商會還聘用一些專職辦事人員，分別負責處理具體事務。上海商務總會的職員有:坐辦1人、理事1人、西方法律顧問1人、書記(即文秘)3人、繕校4人、翻譯1人、司賬2人(即會計)、庶務2人(即雜務)等。該會章程明確規定:會中辦事人員，有行法之權，無司法和立法之權，只能按照總理、協理、議董、會員等所議決的辦法執行。

　　由此可見，商會內部的組織體系，不僅有健全而正規的領導職務和辦事機構設置，而且有完整的民主集中制度，這是傳統的行會組織所無法比擬的，也充分體現了商會的現代組織特性。

　　就商會的外部組織系統而言，可以分為兩種。第一種是同一省區內各商會之間的聯繫。當時，商會的組織形式分為商務總會、商務分會、商務分所(民國以後改稱總商會、分會、分所)三級。總會沒在各省省城和其他工商業大城市；分會設在各縣縣城和其他商務較為發達的城鎮；分所設在總會或分會所在地區的其他商業小鎮。工級之間的組織關係是，分所往往依附於總會或分會，分會除了由部頒章程明文規定為按省分別隸屬於商務總會外，而且總是主動把自己所屬地區的商務總會作為上級機關。分會和分所的印信要通過總會領取，遇有艱難之事往往請求總會幫助解決。在聯絡關係上，總會則處於全省商會聯盟的領袖地位，如全省性的商會活動常常由它組織領尋；各級商會向省政府或中央政府提出的要求經常由它傳遞；省政府和中央政府有關商界的政策法令也通常由它傳達；省與省之間的商會活動更由它聯繫。因此，在總會一分會一分所三者之間，形成了一種逐級控制體系和資訊互傳體系，使一個省區內的商會能夠有事則合無事則分，靈活地開展各種活動，應付各種局面。但是，這種組織狀況也説明，一個省區內商會的組織系統只是一種總會、分會、分所二級之間的縱向聯絡系統。同級商會之間，即總會與總會、分會與分會、分所與分所的橫向聯繫，雖偶有發生，但沒有經常的溝通渠道。尤其是商務總會，由於它是一個省區內最高一級的組織，既沒有與別的總會發生經常聯繫的橫向渠道，也沒有再向上溝通的縱向渠道。這實質上是一種以各商務總會為首的以省區為單位的半封閉組織系統。這種狀態，直到後來全國商會聯合會成立以後，才有所改變。

　　第二種是商會與它的從屬團體之間的聯繫。所謂從屬團體，就是由商會發起創辦，或由商會成員兼任領導，或由商會資助經費的團體，主要有商團和商學公會(或商學研究會)等。商團是由商會組織和領導的武裝治安組織，它以青年商人或商家子弟為主要成員，由商會選派有名望的會董擔任直接領導，由商會提供主要經費。如蘇州商團由商務總會發起集款創辦，第一任會長(團長)洪毓麟、副會長倪開鼎都是商會的議董；議事員尤先甲、杭祖良、彭福孫和蔣炳章等分別是商會的總理、議董和名譽會員。又如上海商團，初創時以商會總理為名譽會長，它的歷屆會長中，李平書是滬南商會會董；曾擔任過上海商務總會第二屆總理；蘇本炎、王一亭、張嘉年、葉增銘均繫上海商務總會的會董或會員。再如漢口商團，初建時由商會會員王琴南任會長，武昌起義時則直接由商會總理蔡輔卿、協理李紫雲召集組織。商學公會或研究會與商會的關係，雖然不如商團那樣密切，但也與商會有著一定的目的相共關係、業務聯絡關係和人員滲透關係。如杭州商學公會聲稱，它與商會宗旨相同，凡是本省和外省各城市的商會都應當聯絡。上海滬南商學公會則由商會直接發起。天津的北洋商學公會、直隸商業研究會、天津工商研究總會，都有不少商會成員參與其中。商會還與其他工商界團體有著各種程度不同的組織聯繫、業務關係和人員滲透關係，這裡不一一列舉。

　　商會的這種廣泛的外部組織關係，是由作為商會成員的紳商的多重社會屬性所決定的，他們往往集紳、學、工、商于一身，能以其各種身份參加各種社會活動和社會團體，從而也造成作為紳商大本營的商會與其他各種團體之間的互相聯繫和影響，使它們能夠在一些大的社會活動中互相配合，形成聲勢浩大的社會運動。