中央16號文件頒發後，全國工商聯十大通過的《章程》存在一些與中央16號文件精神不一致的內容，需及時進行修訂，以反映黨關於非公有制經濟和工商聯工作的理論創新及實踐成果，使之在實踐中與時俱進，不斷豐富和完善。2010年，經報中央統戰部同意，全國工商聯第十次主席辦公會議研究決定，按照中央16號文件精神對《章程》進行修改。12月召開的全國工商聯十屆四次執委會議對《章程》修改工作小組提交的《章程》修改草案進行了審議，並授權主席會議徵求十大代表的意見。

　　2011年1月12日，全國工商聯發出關於審議表決《章程》修改草案的函，提請未出席十屆四次執委會議的十大代表投票表決。3月11日，十屆十三次主席會議對投票結果進行了確認，通過了修改後的《章程》（2011年3月11日第十次會員代表大會修訂）。《章程》修改的主要內容：

　　第一，將“中國工商界組成”修改為“面向工商界、以非公有制企業和非公有制經濟人士為主體”，將關於政府助手的表述由“管理”修改為“管理和服務”，增加了“工商聯工作是中國共産黨的統一戰線工作和經濟工作的重要內容”。

　　第二，將“堅持黨在社會主義初級階段的基本路線”修改為“堅持中國共産黨領導”。

　　第三，將“統戰性、經濟性、民間性相統一”修改為“統戰性、經濟性、民間性有機統一”。將工商聯的五項職能作用修改為“充分發揮在非公有制經濟人士思想政治工作中的引導作用，在非公有制經濟人士參與國家政治生活和社會事務中的重要作用，在政府管理和服務非公有制經濟中的助手作用，在行業協會商會改革發展中的促進作用，在構建和諧勞動關係過程中的積極作用”。

　　第四，將“按照充分尊重、廣泛聯繫、加強團結、熱情幫助、積極引導的工作方針”修改為“堅持團結、服務、引導、教育的方針”。

　　第五，增加了“把工商聯建設成為政治堅定、特色鮮明、機制健全、服務高效、作風優良的人民團體和商會組織的目標，全面加強思想、組織、作風、制度建設，不斷增強凝聚力、影響力、執行力”的內容。

　　第六，增加了“樹立義利兼顧、以義為先理念”“表彰宣傳他們中的先進典型”和“為黨組織開展活動、發揮作用提供必要條件”的內容。將政治安排推薦工作的對象由“工商界代表人士”修改為“非公有制經濟代表人士”。將“充分發揮在非公有制經濟人士思想政治工作中的引導作用”放在首位，明確了“在政府管理和服務非公有制經濟中的助手作用”，增加了工商聯“履行社會團體業務主管單位職責”的內容。

　　第七，將“非公有制經濟成分為主的有限責任公司和股份有限公司”修改為“非公有制經濟成分控股的有限責任公司和股份有限公司”。將企業會員中“港澳臺僑投資企業”修改為“港澳投資企業”；將個人會員中“香港同胞、澳門同胞、台灣同胞和海外僑胞中的工商界人士”修改為“在內地投資的港澳工商界人士”。將“具有法人資格的工商社團和其他有關社會組織，入會申請經批准後，為本會團體會員”，修改為“私營企業協會、個體勞動者協會、外商投資企業協會、鄉鎮企業協會、行業協會、行業商會、異地商會等工商社團，入會申請經批准後，為本會團體會員”。將“工商企業的投資者”修改為“私營企業出資人”。

　　第八，規定縣級（縣、市、旗、省轄市的區）工商業聯合會和各類商會組織為基層組織，刪除了“縣級市（縣、旗、省轄市的區）工商業聯合會為地方組織”的內容。將“縣級市（縣、旗、省轄市的區）工商業聯合會及工商業聯合會的基層組織”修改為“縣級市（縣、旗、省轄市的區）工商業聯合會”。將“建設高素質的公務員隊伍”，修改為“建設一支政治強、業務精、作風正的公務員隊伍”。

　　（摘自《中華全國工商業聯合會簡史（1953-2013）》第十章“貫徹落實中央16號文件精神工商聯工作邁上新臺階”）