今年以來，新三板市場發展勢頭迅猛、行情可謂火爆。重要原因之一在於，2013年12月《國務院關於全國中小企業股份轉讓系統有關問題的決定》(下稱“《決定》”)出臺形成利好。《決定》明確：新三板市場是經國務院批准、依據證券法設立的全國性證券交易場所。2014年底，掛牌企業數猛增至1572家，當年新增1216家，掛牌企業總市值4600億元。2015年上半年，掛牌企業再添千余家，總數已超過了2600家，掛牌企業總股本1200多億元，總市值已達1.25萬億元之巨。可見，新三板市場進入了快速發展的新階段。

　　值得關注的是，儘管國家明確了新三板市場是除滬深證交所之外的第三家全國性證券交易場所，而且《決定》也有新三板“市場建設中涉及稅收政策的，原則上比照上市公司投資者的稅收政策處理”的明晰表述，然而《決定》將新三板掛牌企業定性為非上市公眾公司，須依法納入非上市公眾公司監管的規定，在實踐中導致相關稅收政策在新三板市場與滬深證交所之間存在某些差異：

　　其一，對於企業法人投資者而言，在新三板市場出讓股權取得的收入無需繳納營業稅，而在滬深證交所出售股票取得的收入需繳納5%的營業稅。

　　其二，對於個人投資者來説，無論是《關於個人轉讓股票所得繼續暫免征收個人所得稅的通知》，還是《關於個人轉讓上市公司限售股所得徵收個人所得稅有關問題的通知》，均明確：對個人轉讓從上市公司公開發行和轉讓市場取得的上市公司股票的所得，實行免征個人所得稅的政策。與此不同，根據國家稅務總局“關於發佈《股權轉讓所得個人所得稅管理辦法(試行)》的公告”的規定：個人股權轉讓的個人所得稅以被投資企業所在地的地方稅務機關為主管稅務機關，扣繳義務人、納稅人應在股權轉讓協議簽訂生效、或者受讓人已支付全部或部分轉讓款的次月15日內向主管稅務機關申報納稅。這就是説，新三板市場的個人投資者轉讓股權的所得須按規定申報和繳納個人所得稅。

　　首先，作為與滬深證交所並立的第三家全國性證券交易場所，新三板市場投資者適用稅種、稅率等稅收政策，似應與滬深證交所保持一致。稅收在三個市場的發展中應更多體現中性的原則，減少並直至消除因稅收政策的差異而對三個市場的投資者造成不公平的稅收負擔，以此促進三個市場的公平競爭和多層次資本市場的平衡發展。

　　其次，現行新三板市場的股權交易，可以採用協議轉讓、做市轉讓和競價轉讓等不同的方式。在做市轉讓方式下，股權買賣雙方是動態變化的不特定個人或機構投資者，被投資企業無法及時獲知其股權買賣雙方的資訊。此種情形下，上述國家稅務總局公告所明確的，個人股權轉讓的個人所得稅以被投資企業所在地的地方稅務機關為主管稅務機關，扣繳義務人、納稅人應在股權轉讓協議簽訂生效、或者受讓人已支付全部或部分轉讓款的次月15日內向主管稅務機關申報納稅等規定，缺乏應有的合理性與有效的可操作性，導致實踐中個人投資者稅收遵從度的下降和相關地方稅務機關政策執行中的困難與不盡一致。其結果，不僅影響稅收執行的嚴肅性和統一性，而且對新三板做市轉讓方式的運用産生不必要的制約。

　　應該説，無論從鼓勵新三板做市商制度的實施和提高稅收遵從度與規範性的角度來看，還是站在促進三家全國性證券交易場所的公平競爭以及多層次資本市場健康發展的高度而言，緊密結合當前財稅制度的改革進程，統籌考慮並真正做到新三板“市場建設中涉及稅收政策的，原則上比照上市公司投資者的稅收政策處理”，使三家全國性證券交易場所能適用規範統一、合理有效的稅收政策，不但十分必要，而且極其重要。