鯉魚全基因組序列精細圖譜繪製完成
- 發佈時間：2014-11-24 01:30:56 來源：科技日報 責任編輯：羅伯特
本報記者 馬愛平
日前，鯉魚全基因組序列精細圖譜已繪製完成，該基因組覆蓋約為16.9億鹼基，包含52610個功能基因，功能基因數目是大多數硬骨魚類基因數目的兩倍。
這是在國家863計劃支援下，由中國水産科學研究院“鯉魚等功能基因組資源開發及其數據庫與網站構建”課題組與國內外合作團隊共同完成的成果，這也是國際上首個完成全面解析的異源四倍體硬骨魚類基因組圖譜。
和近緣二倍體模式魚類斑馬魚的基因組比較，鯉魚起源於進化歷史上的兩種二倍體祖先種雜交事件，保留了兩套祖先種的染色體和基因組，分子鐘證據表明這次基因組倍增發生在約820萬年前，是非常近的一次全基因組倍增事件。
該課題組採集了全球10個代表性鯉魚品係和野生種群的樣本，對33尾鯉魚開展了全基因組重測序研究，共挖掘獲取了18949596個單核苷酸多態性位點和1694102個插入/缺失突變位點，首次繪製了全球鯉魚單鹼基解析度的全基因組遺傳變異圖譜。
課題組還利用全基因組多態性掃描和比較轉錄組分析手段，對表型性狀差異顯著的松浦鏡鯉和荷包紅鯉進行了比較分析，定位了與鯉魚鱗被缺失、紅色體色等性狀相關的遺傳座位、功能基因和調控通路。
基於鯉魚全球代表性品係的遺傳變異資訊，課題組構建了含有25萬個高品質位點的鯉魚高通量單核苷酸多態性基因分型晶片，在鯉魚多個品係中多態性比例達到74.06%，在常見鯉科近緣魚類物種中也有較高的多態性比例，這在鯉科魚類性狀遺傳解析和基因組選育中有廣泛可用性。
日前，課題組已開展了鯉魚性別、體色、鱗被、體型、生長、低氧適應、抗皰疹病毒等全基因組關聯分析研究，並初步定位了一批性狀相關的重要功能基因和遺傳座位。
（本欄目與863計劃現代農業技術領域辦合辦）
