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當生物學遇上幾何學

  • 發佈時間:2014-11-07 01:30:48  來源:科技日報  作者:佚名  責任編輯:羅伯特

  本報記者 常麗君 綜合外電

  自然是最偉大的建築師。人類的建築結構也經常模擬生命的結構,比如螺旋上升的多層車庫,層疊而平行連接的樓層、上升的斜梯,可以説是複製了細胞中內質網膜的螺旋結構。

  內質網(endoplasmic reticulum)是遍佈于整個細胞內部的膜狀網,連接並圍繞著細胞核。最近,美國加利福尼亞大學聖巴巴拉分校(UCSB)一個研究小組,用理論物理學的語言描述了內質網的幾何結構。研究結果發表在10月31日的《物理評論快報》上。

  細胞中的“停車庫”

  大致上,內質網是由或多或少的、有規則的層狀結構組成,層與層間隔均勻,彼此相連。這種結構也反映了它的功能:細胞內蛋白質合成的“工作場間”。以往人們以為,相鄰的層與層之間是通過“蟲洞”相連,也就是簡單的管孔。

  去年,科學家才發現這種“蟲洞”其實是一種複雜的螺旋結構,並以它的發現命名為“寺崎坡道”(Terasaki ramps)。這些螺旋坡道互相連接,一層層上升。論文第一作者、墨西哥國立自治大學的傑冒·古溫説,一開始人們對此很驚訝,因為以往從未在生物膜中看到過這種螺旋幾何形狀。

  而且不同部分的內質網形狀不同,除了類似停車庫的平行層,還有管狀網路和包圍細胞核的球形界面。光滑的內質網膜由管裝網構成,這些管裝網是膜在“三岔口”的匯合處,這裡也是合成脂質(或膜)的地方。新的脂質在光滑內質網中生産出來,在連接處不斷積累,最終將連接的管子劈開。

  在粗糙內質網中,平行面或堆疊層由寺崎螺旋坡道連接。在某些情況下,一條坡道是左手螺旋,則另一條是右手螺旋——停車庫也是如此構造。“我們提出,堆疊層裏的基本建築構造不是單條螺旋坡道,而是類似‘停車庫’的兩條坡道,是一對雙坡道,彼此形成鏡像。”古溫説,“這種結構體系能使能耗最小化,能與層狀結構結合,而且還很穩定。”

  在物理學中,把內質網各層連接起來的這些螺旋結構,稱為“缺口”(defects)。 論文合著者、UCSB卡弗裏理論物理學研究所副所長格萊格·哈博指出,這個詞在物理學背景中並沒有負面含義。“這表示一種特殊結構。內質網層的邊緣是高度彎曲的,因為這些層要旋轉、折彎,這樣就形成了螺旋。”

  彎曲形成了U形結構,就像半個管子。哈博和同事把微分幾何原理應用到這種曲面膜上。“應用幾何方法我們以特定的方式分離了管網的一部分,得到一個確切的面,”哈博解釋説,“設想一下,每個U形邊緣都有彎曲的傾向,當你設法把這些U形連在一起時,它們就彎了。這也是彩圖所顯示的。一個管子可以變成曲面,只要把它從邊緣破開,它就可以在空間彎曲。”

  利用形狀研究功能

  “根據寺崎坡道之間相互作用,我們推測了這種細胞器為何會形成如此特殊的形狀。” 哈博説,“一位物理學家可能會説,膜長什麼樣子並非偶然,而是有原因的。更好地理解形狀背後的物理原理,有助於思考其他未解之謎,包括形狀與功能之間有什麼關係,一旦生了病,出現功能障礙會怎樣。”

  附著在膜上的細胞器,如作為蛋白質合成“主站點”的核糖體,密集排列在內質網上,就像汽車密集停泊在車庫裏。“核糖體之間必須有一定的距離間隔,否則它們無法合成蛋白質。”哈博解釋説,“所以,怎樣才能在每單位空間聚集盡可能多的核糖體,而又不至於彼此撞在一起?看起來,細胞解決了這個難題,它把內質網折疊成一層一層的,層與層之間幾乎平行,這樣就能容納更高密度的核糖體。”

  哈博認為,這項理論成果有助於人們更深入了解細胞的內部形狀。跨學科研究也提供了更豐富的語匯和多角度的思考。“我們推測,這種形狀與它們的功能有關。事實上,內質網形狀可以作為某些疾病中功能異常的指標。”

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