在援新疆工作中，中國農科院充分利用自身的科技和人才優勢，與新疆自治區人民政府簽署了《中國農業科學院與新疆維吾爾自治區人民政府農業科技合作協議》，不斷加強科技資源、科技成果在新疆的聚集，為新疆的農業發展提供有力的科技支撐與服務，為支援新疆發展發揮積極作用。

　　“十二五”以來，該院與新疆有關研究機構聯合承擔60多項科技項目；聯合建立和完善試驗示範基地36個；組織科技下鄉3100多人次；培訓基層技術人員和農民4.5萬人次，培養“西部之光”訪問學者等高級研究和管理人員600余人，推廣新品種新技術100余個，面積2000多萬畝，創造社會經濟效益15億元以上。

　　加強調研指導，為邊疆地區發展建言獻策。近年來該院先後有15個研究所與新疆農科院有關所就項目合作、人才培養、成果轉化等簽署了合作協議，為新疆農業發展提供科技支撐。援疆幹部通過大量的調研工作，撰寫了“關於支援新疆農業科學院科技創新工作的幾點建議”等十多項調研報告和政策建議，均得到有關部門和單位的採納，進一步促進了新疆農業科技的發展。

　　加強科技項目合作，帶動新疆科技實力不斷提升。該院有關研究所與新疆有關科研單位通過共同承擔國家和地方各類科技項目聯合開展了新品種引進與示範、育種、病蟲害防治、農産品加工等方面的合作研究，取得了明顯成效，帶動了新疆農業科技實力的不斷提升。作科所與新疆有關單位聯合開展了大豆新品種培育與擴繁研究，培育的大豆新品種在石河子地區展示、示範；蔬菜所在新疆篩選出辣椒、番茄、黃瓜、茄子等適宜栽培的品種10余個；植保所與新疆植保站合作，成功選育出3個抗銹病和矮腥黑穗病的小麥新品種；環發所與新疆有關單位聯合開展新型生物降解地膜的應用評價研究，已篩選出適宜新品種1個……

　　加強技術服務與培訓工作，提升了邊疆地區農牧民的科技素質。每年的關鍵季節，中國農科院都會選派專家到新疆有關地區舉辦技術培訓，現場指導農業生産。針對新疆農業生産實際，在有關地區重點開展了棉花、蔬菜、果樹等優良品種的配套技術服務與科技培訓工作，近年來共培訓基層技術人員和農牧民4.5萬人次，推廣新品種新技術100余個，面積2000萬畝。其中蔬菜專家在吐魯番、克州、塔城、喀什、洛浦、新疆焉吉等地舉辦了番茄、茄子、西葫蘆、辣椒、黃瓜等蔬菜優良品種及其配套種植技術、病蟲害防治等為主要內容的新品種展示和培訓班20余次，培訓農民技術員和示範戶上萬人；棉花專家在喀什、阿克蘇等植棉區組織新品種現場觀摩與技術培訓會，培訓基層技術人員和棉農3萬多人次；果樹專家在新疆生産建設兵團開展了葡萄避雨栽培生産技術推廣示範，完成了葡萄新品種小棚架栽培模式的改造和應用……

　　開展新品種新技術示範與推廣，不斷提高農牧民收入水準。針對新疆的農業生産實際，該院在有關地區建立示範基地並開展新品種新技術技術的示範與技術推廣活動，促進新品種新技術在新疆的落地與轉化。開展了新疆大豆新品種培育與擴繁研究，在石河子地區開展了示範與高産創建工作，“中黃35”在新疆塔城地區創421.37公斤的單産紀錄；在吉木乃縣建立中薯3號原原種生産基地1500畝，為澤普、昭蘇等縣提供了中薯系列品種8個；篩選、示範、推廣IVF3155、IVF6172等加工番茄品種面積達11萬畝，新增社會經濟效益300萬元；在和田建立了30畝的蔬菜科技示範基地，進行蔬菜品種示範。通過示範和輻射帶動，促進了新疆有關農業産業的發展，提高了農民的收入。

　　開展幹部交流培養，加大人才援疆力度。該院第七批援疆的5名幹部圓滿完成了為期3年的援疆工作，被授予“第七批中央和國家機關、中央企業援疆幹部優秀團隊”稱號。另外，該院還為新疆培養“西部之光”訪問學者等高級研究和管理人員300多人，有關研究所還對新疆飼料獸藥監察所7名科研人員進行了2周的培訓，讓他們掌握了樣品接收、標準物質和標準溶液管理等方面的專業技能。