正藍旗地處陰山山脈北麓東端，由低山丘陵和渾善達克沙地兩大地貌構成。北部地處渾善達克沙地中段腹地，係沙地草原，佔全旗總面積的 66％；南部為低山丘陵，是燕山北緣的低山丘陵與大興安嶺南緣的低山丘陵交匯地帶，係草甸草原，佔全旗總面積的 34％。
正藍旗全旗共有植物 708 種，其中，野生種植植物635 種，引進栽培植物73 種，初步查明，全旗共有藥用植物 350 余種，其中經濟價值較高的有蒙古黃芪、黃芩、甘草、赤勺、苦參、草烏等。動物資源初步查明，共有野生動物120 余種，常見的有馬鹿、狍子、黃羊、狐狸、獾、貉、猞猁、狼、野兔及天鵝、丹頂鶴、灰鶴、大雁，水鴨、野雞、沙雞、鷹、百靈鳥等。
水系特徵總水面面積 110.43 平方公里。正藍旗地表水分兩個水系：南部涑河（外流)水系，北部巴音河（內陸)水系。旗境內共有大小河流 21 條，其中乾流 6 條。
（來源正藍旗文化體育廣電旅遊局）
