我國農村污水處理設施建設主要依靠地方資金來源，中央在農村環境治理的資金投入主要在於引導地方資金。為了引導資金投入到農村環境治理，規定中央財政資金需要有地方配套資金。目前，中央、地方省級、地方村級、地方農業土地住建等其他部門投資共同組成農村環境治理投資資金。

　　推進方式也在不斷出新。2008年-2009年，農村環境治理運營方式主要是“以獎促治”，即農村開展整治並達到效果後，中央會以資金進行獎勵。

　　近年來，國家新增的“連片整治”運營方式逐步成為主流。從2010年開始，財政部、環保部等部門聯合開展農村環境“連片整治”專項工作；2010-2013年，國家以“連片整治”為主，重點解決突出環境問題，並逐步摸索經驗。從總結評估結果來看，試點省份基本達到預期效果。

　　同時，國家支援“連片整治”執行效果好、且具備相應財政實力的省份開展“拉網式全覆蓋”運營方式。2013年，國家選擇寧夏、江蘇兩省進行“拉網式全覆蓋”試點工作，中央給予江蘇4.5億元、寧夏3.5億元撥款。

　　社會參與型的第三方委託運營模式將在未來的“整體捆綁+BOT模式”項目類型中將獲得發展。目前農村污水處理運營模式主要分為政府主導型和社會參與型兩種，由於監管成本、治理能力、技術水準等制約因素，政府主導型運營模式在未來將逐年下降，而社會參與型運營模式在國家“連片整治”以及“拉網式全覆蓋”等推進方式背景下，能夠最大程度保證治理效果。

　　目前我國主要有“以獎促治”、“連片整治”以及“拉網式全覆蓋”3條農村環境治理的資金投入渠道。

　　“以獎促治”方面，截至2013年，中央投入專項資金135億元；“連片整治”方面，目前中央財政直接投入近170億元，帶動地方財政投入超過160億元；“拉網式全覆蓋”方面，寧夏、江蘇、重慶3省份共獲中央及省級資金60億元左右。面對龐大市場需求，我國農村污水處理設施建設資金投入不足。

　　同時，運營權責主體模糊、運營監管不足、財政壓力較大。在發達國家，政府、市場、個人在農村污水處理均承擔相應責任；對個人用戶而言，除承擔小部分建設成本外，普遍要求承擔運營費用。

　　我國農村污水處理管理及責任主體均較模糊。國家沒有明確農村污水處理工作的管理及責任主體；地方管理體制差異很大，管理主體不明確，部門職責不清晰，造成開展農村污水處理的協調難度大，並容易造成各部門依託不同的項目和投資渠道，一哄而上重復建設造成浪費。

　　同時，農村污水處理日常運作和管理人員的知識及經驗欠缺，無法保障設施的科學運作；尤其在凈化槽、MBR等先進農村污水處理技術上，雖然處理效果較好，但對技術人員要求較高，我國農村的經濟及科技水準難以適應。

　　就一般情況來看，農村污水處理設施建設資金由中央和地方共同投資，而項目建成後的運營資金主要由地方承擔（縣級+鄉村級）。以農村居民每人平均生活污水量70升/人天、2012年農村人口數量64222萬人數據基礎為例，假設農村人口數量以2%速度遞減，則2014年全國農村生活污水排放量約為4318萬噸/天；以農村污水處理運營費用1元/噸計算，則2014年的管理維護成本可達158億元；該項管理維護費用一般由縣級和鄉鎮級政府承擔（縣級和鄉鎮級的承擔比例普遍為1:1），這將對地方政府造成較大財政壓力，從而影響其推動農村污水治理的積極性。

　　此外，我國尚不存在農村污水處理統一的國家技術標準，僅有《農村生活污染控制技術規範》行業標準；並且由於《城鎮污水處理廠污染物排放標準》、《污水綜合排放標準》等排放標準要求過高，考慮農村與城市在經濟以及技術水準存在較大差距，大部分地區達不到城鎮污水排放標準，否則將成為一項沉重的經濟負擔，因此亟待制定適合農村的生活污水排放標準。

　　我國農村人口多、行政單元數量大，由於其經濟發展水準、供水排水條件、生活風俗習慣等方面的差異，導致不同地區農村生活污水污染狀況不同。因此，農村生活污水排放標準的制定必鬚根據當地農村經濟發展水準、污染物排放特徵、環境影響評價、污染對象測算等因素，科學確定污染控制指標和排放限值，合理制定相關技術參數及測試指標的適宜性，不能照搬國外農村污水排放標準。