《工作方案》指出，試點內容主要包括：
(一)重點行業排污許可證申請與核發試點
一是編制完成行業規範，在全國排污許可證管理資訊平臺上開發完成相應行業排污許可證申請核發的填報模組。二是組織開展試點行業排污許可證申請、核發驗證，並及時修改完善行業規範和填報模組。三是率先完成試點行業排污許可證的申請和核發工作。四是參與開展試點行業排污許可管理培訓。五是組織先行先試，率先開展試點行業依證監管工作。
(二)流域排污許可管理試點
一是按照國家相關規定，打通造紙等行業排污許可管理全流程，落實《實施方案》相關要求，制訂精簡整合相關環境管理制度方案，報批後組織實施。二是基於流域控制單元水質改善需求和達標規劃，研究制訂與流域水質目標和環境承載力相銜接的流域排放標準等。三是臨沂市和濟寧市探索在流域排污許可管理中納入資源化利用、人工濕地凈化工程等內容；無錫市探索基於環保物聯網技術和智慧環保資訊技術的排污許可資訊化管理，以及流域精細化管控背景下的排污許可證監管模式；嘉興市探索“一證式”管理模式，基於排污許可管理的沿海地區固定源總氮排放總量控制，以及基於排污許可管理的相關市場機制。
《工作方案》最後指出試點工作的分工安排：環保部專項小組負責統籌協調試點工作，定期組織召開調度會、交流會，協調發佈各行業規範。試點省、市環保部門負責牽頭實施相關行業試點工作，落實環境保護部關於試點工作的各項安排。試點省、市應制定試點工作方案，報環境保護部排污許可專項小組辦公室(以下簡稱部許可辦)備案，並嚴格督辦落實。試點省、市應在試點成果中反映本行政區域環境品質改善需求，保障試點任務涉及的各類調研和資料收集工作，制定實施對無證排污行為的監管執法計劃。
重點行業排污許可管理試點省、市，應全程參與行業規範編制工作，做好地方原有管理平臺與全國平臺對接，會同有關部門對無證排污企業收緊信貸、市場準入等政策。
流域排污許可管理試點地市負責組建專門的技術支撐團隊承擔試點任務，推進本市行業排污許可證“一證式”管理，制定出臺相關規定規範應報部專項小組審批，配合部專項小組做好相關經驗做法的提煉、推廣等工作。
自2017年4月起，每月10日前，試點省、市環保部門應向環保部報送試點工作進展表。試點工作總負責人應為各試點省級環保部門分管領導或各試點地市環保部門主要領導。試點工作聯繫人應為責任處室領導。重點行業試點省、市應逐月填報2017年3月至10月的工作安排以及實際進展；流域排污許可試點地市應填報2017年3月至12月以及2018、2019年的工作安排和實際進展。填報的試點任務工作安排應包括本方案明確的各時間節點。
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