2、第二板市場與主機板市場的關係問題。第二板市場和主機板市場應該建立起一種分工和合作的關係。在第二板市場上發展較好、經營穩定的企業可以到主機板市場申請再上市，證券市場應該對所有符合《公司法》、《券證法》等法規企業實行相同的待遇。

    3、第二板市場的建立與我國風險投資機制的形成。從我國證券市場目前的結構看，同美、英等發達國家相比缺少一個專門為中小企業融資的小盤股市場，在現代經濟中，銀行作為資本資源配置的重要機構在放貸行為上存在著逆向選擇問題，即迫切需要資金且資金回報率高的項目往往因為風險高而得不到銀行貸款；而發展成熟、收入趨於穩定的企業則因風險較小而成為銀行追逐放貸的對象。第二板市場的建立是形成我國風險投資機制的關鍵環節，它是風險資本安全退出、取得預期收益的理想場所。

    4、如何保護投資者。為了開闢中小企業的融資渠道，第二板市場上市企業的標準要低於主機板市場，如凈資産規模、盈利水準、經營業績等方面都不如主機板市場的要求嚴格，而第二板市場的上市企業主要是以巨大的發展潛力吸引投資者，特別是中小型高科技企業，這同時加大了第二板市場投資者的風險。為了保護投資者，應資訊披露、政府監管等方面的動作更加規範，讓投資者在更多準確資訊的基礎上自己作出判斷和選擇。