一提到人畜共患病，大家可能會想到禽流感、狂犬病、鼠疫等。目前已證實的人畜共患病已達約200種，其中大部份病原來自於自然界的野生動物。蝙蝠和嚙齒動物更是在人畜共患病的傳播中扮演著重要角色，如SARS冠狀病毒、埃博拉病毒等均與其密切相關。

而在“一帶一路”沿線部分國家和地區，由於公共衛生基礎建設相對薄弱，傳染病的監測和防控面臨重大挑戰。所以了解病毒在野生動物中的進化和傳播方式，是預警、預防未來大流行病病毒的關鍵一步。

為此，來自中國科學院武漢病毒研究所、深圳華大生命科學研究院、昆士蘭大學等單位的聯合研究團隊，在東非“一帶一路”沿線國家肯亞和烏干達，對959隻蝙蝠和372隻嚙齒動物進行了大規模的病毒組調查。基於華大智造T系列測序平臺，研究團隊通過宏轉錄組測序揭示了這些野生動物中的病毒多樣性、重組和跨地域傳播特徵。4月10日，成果于國際期刊《微生物組》（Microbiome）發表。

Microbiome官網截圖

研究團隊共鑒定出251種與蝙蝠或嚙齒動物感染相關的RNA或DNA病毒，其中87%為新病毒，揭示了東非地區病毒高度的多樣性和獨特性。值得關注的是，在埃及果蝠中發現了與人類二型副流感和人類軟疣病毒相近緣的病毒。這些發現不僅對理解此類病毒的起源有重要意義，也為研究其傳播機制提供了關鍵線索。

東非蝙蝠和嚙齒動物病毒多樣性

一般而言，病毒需要有較高的基因組多樣性，才能保證其在入侵不同宿主的細胞時有足夠的適應能力。

研究顯示，在蝙蝠和嚙齒動物中，冠狀病毒的刺突蛋白和圓環病毒的衣殼蛋白（負責入侵宿主細胞）呈現出高度的多樣性，且病毒與病毒之間發生了頻繁的基因組重組，這可能解釋了為何這些病毒能夠在多種宿主間切換。

進一步分析揭示了病毒群落中頻繁發生的重復突變、病毒種內不同基因型的共感染，以及地域間的病毒流動，這些因素共同催化形成了多樣的自然病毒群落，為理解病毒如何在不同生態系統中傳播提供了重要資訊。

此項研究成果不僅為全球病毒多樣性研究領域提供了新的數據和視角，也對全球公共衛生安全做出了重要貢獻。

本研究依託于全球病原數據庫計劃（Global Pathogen Database Project）。該計劃旨在從基因組層面檢測和發現動物中可能感染人類的病原，在2026年底前，支援各科研團隊共同獲取至少5萬份動物來源樣本的病原基因組數據，鑒定新的人畜共患病原，識別病原分佈熱點和預測潛在的跨物種事件。

文章第一作者、全球病原數據庫計劃負責人、華大生命科學研究院王達希副研究員表示：“該研究為蝙蝠等重要自然疫源宿主的病毒譜提供了全面的基因組和生態數據資源，團隊將持續構建病原數據平臺，匯交多種病原、野生動物和生態等多維度資訊，為國家生物安全防控和自然疫源疫病監測預警提供大數據保障。”

中國科學院武漢病毒研究所石正麗研究員，華大生命科學研究院李俊樺研究員，昆士蘭大學Sheila Ommeh教授，肯亞國家博物館Bernard Agwanda研究員，華大生命科學研究院肖敏鳳副研究員為本文共同通訊作者。華大生命科學研究院王達希副研究員，中國科學院昆明動物研究所楊興婁研究員，華大生命科學研究院任梓睿，中國科學院武漢病毒研究所胡犇青年研究員，華大生命科學研究院趙海龍博士為本文共同第一作者。

該項目受到國家重點研發計劃“潛在威脅人類病原體發現與挖掘”、“多學科視角新冠病毒溯源研究”（2021YFC2300905，2021YFC0863400），廣東省高通量基因組測序與合成編輯應用重點實驗室項目（2017B030301011），國家科技重大專項“東非、中亞和東南亞等區域重要傳染病防控關鍵保障技術研究”（2018ZX10101004001001）、中國科學院中-非聯合研究中心項目（SAJC201605）以及中國科學院國際夥伴計劃項目（151542KYSB20200010）的基金支援。

該項科研成果符合倫理和數據安全法律法規，不涉及人類遺傳資源，所産生的數據存儲于國家基因庫生命大數據平臺（CNGBdb）序列歸檔系統（CNSA項目編號CNP0003101）。

文章連結：

https://link.springer.com/article/10.1186/s40168-024-01782-4?utm_source=rct_congratemailt&utm_medium=email&utm_campaign=oa_20240410&utm_content=10.1186/s40168-024-01782-4