構建國家科研創新體系（1998 年至今）
科技體制改革是一個不斷調整、持續深化的過程，不可能一蹴而就。嚴格來説，至今科技體制仍處於改革的進程之中，但與前一時期相比，其背景因素、指導思想、目標等又有所不同。20 世紀末以來，創新是命運所繫、大勢所趨、形勢所迫。科學探索在各個尺度上向縱深拓展，國際産業分工、世界競爭格局面臨重新調整，世界正處在科技創新突破和新一輪科技革命的前夜，創新成為許多國家的核心科技戰略。然而，我國國家創新體系整體效能還不強，創新資源存在問題，缺乏原創性成就，關鍵技術受制於人，科技儲備亟待加強。
黨的十八大以來，以習近平新時代中國特色社會主義思想為行動指南，科技體制改革的指導思想從科教興國戰略，轉至創新驅動發展戰略；目標從加強國家創新體系建設，轉至構建中國特色國家創新體系。
以中科院“知識創新工程”的實施為標誌，開始構建國家科研創新體系。知識經濟的到來，科技的競爭、國家的競爭，也是創新的競爭。1997 年，中科院在前期改革的基礎上，分析了知識經濟發展態勢及其對中國的挑戰，提出建設面向 21 世紀的中國國家創新體系的思路。第二年，國家科技教育領導小組原則通過了《中國科學院關於開展知識創新工程試點的彙報提綱》，部署我國面向 21 世紀新的創新體系的建設。中科院作為全國知識創新整體工程的一個組成部分，實施“知識創新工程”試點工作。此項工程堅持把為國民經濟和社會發展解決重大科技問題，與探索科學前沿、攀登科學高峰結合起來，只是“標準更高了，要求更高了，水準和層次更高了”。2007 年，中科院進一步提出“創新 2020”發展體系和“三位一體”的發展構架，“知識創新工程”進入到新的階段。在實施“知識創新工程”過程中，中科院在科技佈局、人事制度、資源配置模式、科技評價與獎勵制度等方面進行了深層次改革，創新能力大幅提升，帶動我國科技體制改革進入建設國家創新體系的新階段。
黨的十八大以來形成新時期跨越式發展的科技戰略體系。2013 年 7 月，習近平總書記視察中科院併發表重要講話，要求中科院“率先實現科學技術跨越發展，率先建成國家創新人才高地，率先建成國家高水準科技智庫，率先建設國際一流科研機構”（簡稱“四個率先”）。“四個率先”為中科院新時期改革創新發展指明瞭方向。在此基礎上，中科院研究制定了《中國科學院“率先行動”計劃暨全面深化改革綱要》。“率先行動”計劃是“創新 2020”的延伸和發展，著眼于國家“兩個一百年”的戰略目標，開啟率先跨越、引領創新的新征程。2015 年，中科院調整確立了“三個面向”和“四個率先”的新時期辦院方針。據此，中科院改革院機關科研管理體系，構建院所兩級“一三五”規劃體系，推進創設四類新型科研機構的研究所分類改革。通過國家科技創新基地和平臺的建設，加強科技基礎條件保障能力，提升自主創新能力。主要包括完善國家重點實驗室體系、建設國家工程技術研究中心和國家工程實驗室、組建綜合性大科學中心、建設國家臨床醫學研究中心等舉措。此外，國家陸續出臺相關政策，引導高校、地方、行業與企業的科技體制改革。中國更具創新活力的新型科研體系正在形成。
以《國家創新驅動發展戰略綱要》（以下簡稱《綱要》）與《深化科技體制改革實施方案》（以下簡稱《方案》）的頒布為標誌，當前正在開啟全面推動中國發展的創新型國家建設。《綱要》是新時期推進創新工作的綱領性文件，是建設創新型國家的行動指南。《綱要》提出“堅持科技體制改革和經濟社會領域改革同步發力”，繼承並深化了前期改革時解決“兩張皮”的策略。《綱要》“強調科技創新是提高社會生産力和綜合國力的戰略支撐，必須擺在國家發展全局的核心位置”，給予科技創新前所未有的高度。《方案》旨在形成系統、全面、可持續的改革部署和工作格局，激發科技第一生産力、創新第一動力的巨大潛能。《方案》提出建立技術創新市場導向機制，構建更加高效的科研體系，改革人才培養、評價和激勵機制，健全促進科技成果轉化的機制，建立健全科技和金融結合機制，構建統籌協調的創新治理機制，推動形成深度融合的開放創新局面，營造激勵創新的良好生態，推動區域創新改革等，共 10 項 143 條舉措。
深化科技體制改革是全面深化改革的重要內容，是實施創新驅動發展戰略、建設創新型國家的根本要求。黨的十八大以來，以“中國天眼”“悟空號”“墨子號”以及“神舟十一號”和“天宮二號”交會對接等成果為代表，中國科技在一些重大創新領域踐行“跟蹤為主”到“並跑”“領跑”的轉變。值得欣慰的是，改革開放 40 年來，各類企業尤其是民營科技實體的研發能力快速增強，已經成長為中國科技體系中的重要力量。中國新一輪的科技體制改革，將推進國家科研創新體系的構建，影響全球創新競爭的格局。