種養結合長效運作機制缺乏、糞肥農田利用競爭力弱
種養結合涉及畜牧業、種植業、環境保護等不同行業和部門。在國家有關部門和各地政府的積極推動和支援下，種養結合廢棄物利用取得了顯著成效。2018 年1月《畜禽糞污土地承載力測算技術指南》發佈，為各地優化調整畜牧業産業佈局，促進農牧結合提供了方法標準，為畜禽糞污還田面積配套需求提供了依據。但目前我國種養迴圈效益鏈條不完整，長效運營機制缺乏，産品成本高、商品化水準低、農民參與積極性低等問題依舊突出，糞肥還田“最後一公里”途徑不暢。主要存在 4 個方面問題。
有機肥市場競爭力遠遠低於化肥。糞肥和有機肥肥效長、見效慢、有異味、養分含量不穩定，與化肥肥效高且運輸、儲存、使用方便等特點形成對比；加之有機肥施用成本高，若按照大田作物畝均化肥施用量 100 kg 測算，施用化肥總成本為 250 元，而施用固體有機肥總成本為 500 多元。
專業化第三方服務機構能力明顯不足。社會化服務組織數量少、規模小、服務能力弱。這些都導致了畜禽糞污還田利用在市場、管理、技術和社會方面無法得到有力的支援和推進。
部分糞肥可能還含有重金屬和抗生素。賈武霞等對我國部分城市畜禽糞便中重金屬分析表明，豬糞中銅（Cu）、鋅（Zn）、鎘（Cd）和砷（As）的平均含量分別為 506.3、2088.8、0.8 和 9.1 mg/kg；雞糞中Cu、Zn、Cd 和 As 的平均含量分別是 61.7、429.7、0.5 和 11.3 mg/kg，部分受檢畜禽糞污重金屬超過國家《農用污泥中污染物控制標準》要求。
我國對於畜禽養殖業發展還沒有提出以種養結合養分平衡管理為基礎的準入制度，更缺乏適合不同區域、不同作物的種養結合操作指南。有的地方要求糞便肥水經過處理後達到灌溉水標準再用於農田，不僅增加成本還失去肥水價值。有的地方將環保與畜牧業發展對立起來，簡單粗暴地拆遷關閉，有機肥施用不足、化肥過量施用，造成部分地區土壤退化嚴重、耕地品質整體水準偏低。而目前我國耕地土壤有機質含量不足1%的面積達到26%，整體有機質含量低於歐洲同類土壤的一半，全國中低産田面積佔耕地總面積比例高達70%，耕地內在品質建設亟待加強。