中醫科是上海藍十字腦科醫院的優先發展學科，對於常見疾病、多發疾病，各種腦血管疾病及其後遺症等所致的偏癱、脊髓損傷、昏迷等，以中醫四診為基礎，施以傳統的針灸、推拿、艾灸、拔罐、穴位注射、杵針、耳穴、放血、方藥等內外治法，結合現代診療手段，充分發揮中醫的特色。
尤其是利用中藥，體針、頭針與功能鍛鍊相結合的方法在治療中風偏癱上成效顯著，形成了以中醫康復為鮮明特色的專科優勢，因其毒副作用少，深受患者歡迎。
其中“腦梗古法診治術”是上海市閔行區第十批非物質文化遺産代表性項目，源於2000多年來歷代名醫對腦病的理論和方劑研究之精華，守正創新形成的一套針對腦梗死疾病行之有效的診療和預防方法。其精髓在於“古法”，核心要義是“針藥結合”，創新點在於“一針透多穴”的運用、平刺或斜刺的技藝，一針能使多個穴道、多條經絡打通，同時把現代高科技術“紅外熱成像儀”用於臨床，對當前數以萬計腦梗患者的治療康復及潛在患者的提前干預，切實改善該患者群體的生活品質，降低死亡率、重病率。
