第二，政府相關配套設施與高校智庫的發展不協調，對後者的進入門檻限制較嚴。依據政府相關規定，建立高校智庫必須滿足某些要求，如嚴格的登記制度，即高校智庫須找到願意讓其挂靠並對其負一定責任的組織。若依託組織為工商行政部門，高校智庫則要採取“企業式管理”，這不僅意味著無法接受無償資助，只能自力更生，且部分智庫建設資金還要用於繳納稅款。嚴格的準入門檻一定程度上限制了高校智庫在我國的發展。
第三，高校智庫的評價體系不夠健全，政府佔據比例過大。從目前來看，對高校智庫的科研評價主要是由政府的行政機構主導，外部評價機構很難介入，這樣的評價在實踐過程中難免會出現“馬太效應”。考核評價機制的不健全不僅影響高校智庫進行科學研究的積極性、創新和發展的能力，還可能影響研究成果的科學性、客觀性。
第四，高校智庫的定位不準確，服務意識不強。目前，我國的高校智庫普遍缺乏智庫功能，多以學術研究作為其主要功能，缺乏為政府提供決策服務的意識。大多數高校智庫從研究視域、研究思路、研究方法到研究成果都是學術型，而非咨政建議型。高校智庫所要研究的問題都是涉及社會經濟多方面的綜合性和複雜性的戰略性問題和政策性問題，僅從學術研究的角度研究這方面的問題，形成的研究成果多“理論性”十足、“應用性”不強，這是多數高校智庫沒有服務政府決策的意義和應用價值的重要原因。此外，由於高校智庫自身豐富的學科和人才資源，基礎性研究與長期性研究才是其優勢所在。但考慮到長期性研究的投入與回報的週期較長，很多高校智庫的研究項目和政策諮詢多是中短期發展問題，而非其擅長的長期性項目，自然難以對問題形成自身獨特的見解與建議，也難以對政府戰略的發展起到推動作用。
若干建議
高水準的決策服務是智庫最基本的功能，科學研究則是政府最需要解決的問題。因此，只要高校智庫與政府的關係能在最大程度上促成這兩個目標的實現，二者之間的關係就是健康的，具體可從以下五個方面著手。
第一，暢通智庫與政府的聯繫溝通，探索建立中國特色的“旋轉門”機制。首先，政府要正確對待高校智庫無法獲取政府內部資料這一現狀，並給予適度的援助。如二者可以採取資訊通報會、選題徵集函、專家諮詢報告、學術研討沙龍、共同實地調研、數據線上共用等形式定期開展合作研究，搭建互聯互通的資訊共用平臺，暢通資訊獲取及反饋渠道，形成政庫之間“交互協作式”的立體溝通、交流和共用機制。另外，可借鑒國外先進經驗，通過“旋轉門”機制組織政府中的卸任人員進入高校智庫任職、高校智庫的研究人員擔任政府職員。
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