中外科學家給出基因組學依據:新冠病毒不是實驗室合成!
來源:科技日報 時間:2020-02-25 10:05:13 編輯:陳姝悅
2019新型冠狀病毒效果圖 來源:美國疾控中心官網
專家對新冠病毒基因組的兩大顯著特徵進行了比較分析,這些分析提供了大量證據推論出:新冠病毒不太可能是實驗室基因工程製造的病毒,而應該是病毒自然進化的産物。
疫情當頭,關於2019新型冠狀病毒來自實驗室洩露的傳聞此起彼伏。
日前,5位國外科學家在病毒學論壇“Virological”共同發佈論文,對2019新型冠狀病毒的基因組數據進行分析,指出2019新型冠狀病毒不是實驗室合成的,也不是一種被故意操縱的病毒。目前,論文還未經過正式的同行評議。
這5位科學家包括美國哥倫比亞大學公共衛生學院感染與免疫中心主任、被譽為“病毒獵手”的伊恩·利普金。此外還有4位來自美國斯克裏普斯研究所、英國愛丁堡大學、澳大利亞雪梨大學、美國杜蘭大學的生物學或免疫學研究人員。
論文指出,與其他冠狀病毒相比,2019新型冠狀病毒的基因組存在兩個顯著特徵。隨後文章從這兩大特徵入手,分析了為何2019新型冠狀病毒不太可能來自實驗室合成。
S蛋白與受體的結合方案,不同於人工預測
2019新型冠狀病毒的第一個特徵是,根據結構模型和早期生化實驗,這種病毒似乎為了結合人類的ACE2受體而得到優化。
這裡有必要科普一下,此前有研究發現,2019新型冠狀病毒和SARS病毒都是通過刺突蛋白(S蛋白)與人體ACE2受體結合,介導病毒進入人體細胞。
中國醫學科學院基礎醫學研究所副所長、北京協和醫學院免疫學系副主任黃波介紹,S蛋白是位於冠狀病毒表面的一種蛋白,放大後像釘子。ACE2則是位於人體肺部上皮細胞表面的一種蛋白。
這些國外專家提出:“SARS病毒和SARS相關冠狀病毒S蛋白中的受體結合域(RBD)是病毒基因組中最容易變異的部分。這些受體結合域中的6個殘基似乎對與人體ACE2受體結合以及確定宿主範圍至關重要。”
論文中説,2019新型冠狀病毒S蛋白基因序列中486殘基處的苯丙氨酸,與SARS病毒S蛋白基因序列中的L472相對應。在SARS病毒細胞培養實驗中,L472可以突變為苯丙氨酸。此前的研究預測,這是SARS病毒的受體結合域與人體ACE2受體結合的最佳方案。然而,這種位置的苯丙氨酸也存在於蝙蝠身上的一些類SARS冠狀病毒中。
此外,2019新型冠狀病毒受體結合域中的幾個關鍵殘基,與之前研究曾描述的與人體ACE2受體結合的最佳殘基不一樣。但最新研究卻表明,2019新型冠狀病毒與人體ACE2結合的親和力很高。
這説明什麼?“2019新型冠狀病毒的S蛋白似乎是對人或類似人ACE2的自然選擇的結果,從而出現了不同於預測的最佳結合方案。這有力地證明了2019新型冠狀病毒不是基因工程的産物。”論文作者稱。
S蛋白上的酶切位點,可以通過自然變異獲得
2019新型冠狀病毒的第二個特徵是,在這種病毒具有高度變異性的S蛋白上,插入了12個核苷酸,而且存在一個可疑的酶切位點。
“通常情況下,存在這樣的酶切位點被看作人工基因工程的痕跡。但是對禽流感病毒的研究發現,病毒在自然進化的過程中,也可以獲得酶切位點。”南開大學生命科學院副教授高山的研究方向為生物資訊學,他在接受科技日報記者採訪時如是説。
上述論文提到,這種酶切位點,在病毒快速複製和傳播的自然選擇環境下,例如在高度密集的雞群中,可以在禽流感病毒血凝素(HA)蛋白的兩個亞基的接合處獲得。流感病毒HA蛋白在細胞培養或動物體內反覆強制傳代後,也可以觀察到酶切位點的獲得。
論文提出,通過插入或重組而獲得HA蛋白中的酶切位點,可將低致病性禽流感病毒轉化為高致病性禽流感病毒。同樣,新城疫病毒的一個無毒分離物在雞的連續傳代過程中,可以在其融合蛋白亞基的連接處逐漸獲得一個酶切位點,從而變得高度致病。
“這意味著,一旦獲得酶切位點,這些病毒相當於進行了一次升級,有可能提高其傳染能力。”高山説。
與這篇國外專家的論文遙相呼應,早在1月27日,高山就與多位研究人員共同在中科院科技論文預發佈平臺ChinaXiv上提交研究發現:2019新型冠狀病毒S蛋白可能存在弗林(Furin)蛋白酶切位點。
高山介紹,他們的研究發現,2019新型冠狀病毒的S蛋白可能存在弗林蛋白酶切位點,從而導致它的感染機制不同於SARS等大部分β冠狀病毒。由於感染機制的改變,2019新型冠狀病毒獲得了更高的進入細胞的效率,這可能是其傳播能力大於SARS病毒的原因之一。
“我們還意外地發現,一些禽流感病毒可以通過突變獲得弗林蛋白酶切位點,這説明自然突變可以引入弗林蛋白酶切位點。”高山説。
O-聚糖結構的産生,通常需要免疫系統參與
“2019新型冠狀病毒不太可能是通過實驗室操作現有的SARS相關冠狀病毒而出現的。”這些國外專家説。
專家們指出,如果進行了基因操縱,人們可以預期,可用於β冠狀病毒的幾個反向遺傳系統中的一個將被使用。然而,情況並非如此,因為遺傳數據顯示,2019新型冠狀病毒並非來自任何先前使用的病毒主幹。
這幾位國外專家提出了兩種可能的情況來解釋2019新型冠狀病毒的起源:第一種是在人畜共患傳染病轉移之前,在非人類動物宿主中自然選擇的結果;第二種是在人畜共患傳染病轉移之後,在人類中自然選擇的結果。
那麼,實驗室到底有沒有能力設計或合成病毒?“從技術上講,是沒有問題的。”高山告訴科技日報記者。
對此,這篇國外論文也進行了分析。“多年來,在世界各地的多個BSL-2(生物安全第二等級)實驗室都進行了有關蝙蝠SARS樣冠狀病毒在細胞培養和/或動物模型中傳代的基礎研究。還記錄了在BSL-2密閉環境下工作的實驗室人員在實驗室獲得SARS病毒的實例。因此,我們必須考慮有意或無意釋放2019新型冠狀病毒的可能性。”論文稱。
但專家們隨後對這種可能性也進行了質疑。
他們指出,通過細胞培養或動物傳代産生2019新型冠狀病毒,需要事先分離具有高度遺傳相似性的前體病毒。隨後産生的酶切位點需要在細胞培養中,或者具有與人類相似的ACE2受體的動物(如雪貂)中進行密集的傳代程式。
然而,2019新型冠狀病毒S蛋白由於存在酶切位點,導致酶切位點周圍存在3個O-聚糖結構。“值得懷疑的是,O-聚糖結構的産生是否會發生在細胞培養過程中,因為這種突變通常意味著免疫系統的參與,而這種免疫系統在體外是不存在的。”這些國外專家稱。(劉園園)