列奧納多與德·普雷迪斯兄弟倆合作的結晶是一幅精美絕倫而又不乏神秘色彩的畫作——《岩間聖母》。神秘的色彩部分是畫作本身散發出來的：作品給人的感覺令人難以捉摸，色彩有些朦朧，畫中人物處在與世隔絕的環境中。此外該畫的神秘還是由於歷史原因造成的。關於此畫的文字記載不少，但這些記載卻有些混亂，相互矛盾。《岩間聖母》具有兩個不同的版本，雖有些相似，但並不完全一樣，到底哪一幅是真作一直是眾説紛紜。基本達成的共識是藏于盧浮宮的那一幅創作時間要早一些，應該是作于1483－1485年，基本上是列奧納多獨立完成的，而藏于倫敦國家美術館那幅的時間則要晚一些，由列奧納多與安布羅焦·德·普雷迪合作完成。關於兩幅畫之間到底相差多少時間，全在於你對那些史料的理解。
不管怎樣，對此畫開始之初的情況人們似乎並不存在疑問。此畫的合同於1483年4月25日簽訂，由一個名叫安東尼奧·德·凱皮塔尼的公證人起草。這份合同是從一個世紀之前的歷史文檔中找到的，是最早能證明列奧納多來到米蘭的證據。合同一方是列奧納多（上寫“佛羅倫薩的列奧納多·達·芬奇大師”）、伊萬傑利斯塔和安布羅焦·德·普雷迪，另一方是一家名叫“無沾成胎協會”的宗教組織。列奧納多的任務是為該協會在聖弗朗切斯科·格蘭德教堂的小教堂繪製一幅祭壇裝飾畫（即上面呈弧形的祭壇畫）。這是一份能光宗耀祖的合同。聖弗朗切斯科·格蘭德教堂是維斯孔蒂家族于14世紀初期所建，是繼大教堂之後米蘭最大的教堂。（1576年該教堂被毀，如今那裏駐紮了加裏波第兵營。）儘管這個協會外面佈滿了各式宗教飾品，但它不過是由米蘭豪門顯貴組成的一個組織森嚴的俱樂部，其成員有：科廖家族、卡薩蒂家族、波佐博內利家族等。
三位藝術家要繪製三幅木版畫，由一幅高6英尺、寬4英尺的中心畫和兩幅尺幅小一些、起襯托作用的邊畫組成。合同對畫的尺寸有詳細的規定，因為這三幅畫是要放入一個已經制好的木製畫框裏，這個精心製作的畫框出自雕刻師賈科莫·德爾·馬諾之手，框上有用淺浮雕刻畫的人像。除了繪畫之外，三位畫家還要負責給畫框塗色和鍍金，如有需要還要隨時進行修補。我們大致能猜出工作的分工：擅長繪製微型畫的伊萬傑利斯塔、負責裝飾畫框；宮廷畫家安東尼奧負責繪製兩幅邊畫，而中心畫則當仁不讓地由那位佛羅倫薩大師負責。
合同最後期限是第二年的12月8日，即“無沾成胎節”那一天。簽訂合同那天離交貨時間還不到8個月，時間非常緊張。委託方支付的酬金是800里拉，雖然數目還算可觀，但酬金的支付方式卻過於拖遝，給畫家造成了極大的不便。三位畫家在1483年5月1日先拿到100里拉的定金，然後從1483年7月開始每月收到40里拉。此畫的交付時間是1483年12月，所以交付前有超過一半的酬金畫家們無法拿到手。跟列奧納多與聖多納托教堂的修道士們為《博士來拜》簽訂的合同一樣，這份合同也過於小氣。這只是整個過程的開始，但從這清晰的一刻開始，事情又迅速轉入我們更為熟悉的列奧納多式的模糊不確定性。
《岩間聖母》無疑就是為這份訂單而作的，但令人費解的是作品最後卻偏離了客戶的要求。按照合同的規定，中間那幅畫上聖母子身邊應該圍著一圈天使和兩個先知，每幅邊畫要出現四個天使，或唱歌或彈奏樂器。除了聖母子之外，《岩間聖母》沒有符合合同中任何一項規定，天使只出現了一個，先知更是無影無蹤，卻憑空多出個小聖約翰。每幅邊畫上也只出現了一個天使。
有人解釋説，列奧納多簽訂合同之前就已經開始繪製此畫，那時可能尚處於草圖階段。不管合同如何規定，他最終還是堅持完成了這幅作品。肯尼思·克拉克認為藏在盧浮宮的《岩間聖母》實際上開始作于佛羅倫薩，他認為《哺乳聖母》也是開始畫于佛羅倫薩。[218]這幅作品無疑帶有一股佛羅倫薩的氣息，這種氣息表現在俊俏的臉部、頭部的運動和帶有小卷的長髮，而且聖母和天使還帶有韋羅基奧的風格。不管怎樣，這正是人們期望看到的，也是米蘭的客戶希望看到的。他們選擇列奧納多創作此畫，正是因為他們想看到佛羅倫薩老練複雜的風格。而倫敦那幅創作時間晚一些的《岩間聖母》卻給人一種別樣的感覺。它更為嚴肅一些，人物臉部發出一種蒼白的光澤。與前一幅相比，整幅畫給人一種單調、悲傷、孤單之美。如果巴黎那幅作品的色彩有些朦朧，那麼倫敦這幅則具有更為鮮明的月光般的邊線。後面這幅圖中聖母頭上還多了一個光環，看起來像是滿足那個協會的死板要求，這在前面一幅以及列奧納多在佛羅倫薩畫過的所有聖母像中從未出現過。
這兩幅畫之間到底有何關係仍是不解之謎。後來關於這個問題出現了一系列正式文件，距離現在最近的一份寫于1508年，是合同簽訂25年後寫的。這些文件也沒能將這個謎解釋清楚，大部分時間只是在互打筆戰。這些文件達成的共識是三位畫家是在約1485年的時候交的差，但在酬金問題上人們的説法卻不大相同。酬金的問題一直懸而未決，1492年左右列奧納多和安布羅焦·德·普雷迪聯名給盧科·斯福爾扎寫了一份申請書，希望他能幫他們把工錢討回來。該文件以極其簡潔精煉的方式將那幅畫描述成“上述那個佛羅倫薩人所作的聖母像”。我們從文件上得知，他們要求結算餘額1200里拉，聲稱按照合同條款，他們已經拿到的800里拉甚至還不夠支付畫框的開銷。那個協會對此的回應是僅僅提供微不足道的100里拉。兩個畫家現在要求獲得更公正的待遇，或者希望能夠拿回那幅畫，因為有人對此畫感興趣想買下來。這裡提到的另一個潛在的客戶給了我們一個暗示。那個感興趣的買主是否就是盧###科本人？1493年馬克西米連皇帝與盧###科的侄女比安卡·瑪利亞成婚，《岩間聖母》是否就是結婚當天盧###科作為結婚禮物送給皇帝的那件不知名的祭壇畫呢？安東尼奧·比利的筆記是最早關於列奧納多的傳記，其中有一段可以證明那個禮物就是那幅畫，他説：“他專門為米蘭公爵盧科作了一幅祭壇畫，該畫據説是世界上最迷人的一幅畫。伯爵將此畫送給了德國的皇帝。”那幅《岩間聖母》是惟一一幅人們知道的他畫于米蘭的祭壇畫。實際上，此畫並非如比利所説的那樣，是“專門”為盧科所作，但有充分的理由相信是盧###科于1492年或1493年從“無沾成胎協會”買下來的，然後作為禮物送給了馬克西米連。安布羅焦本人那個時候就在因斯布魯克的皇宮裏，這使這個觀點更為可信。
《岩間聖母》被贈給德國皇帝，這可以解釋它為什麼最後會留在盧浮宮。盧浮宮裏的一些列奧納多的作品是由列奧納多本人于1516年帶到法國的，但沒有事實證明《岩間聖母》也在其中。《岩間聖母》很可能伴隨哈普斯堡皇室的收藏品一起于1528年或之後運到了法國，當時馬克西米連的孫女埃萊奧諾拉嫁給弗朗索瓦一世，《岩間聖母》最後輾轉來到盧浮宮。1625年此畫就已經在法國了，當時卡西亞諾·德爾·波佐在楓丹白露看到過它。
伴隨這一理論的是，倫敦版本的《岩間聖母》的來龍去脈也有了頭緒。這幅畫是為“無沾成胎協會”畫的，作為送給那個皇帝那幅畫的替代品。這樣看來，倫敦那幅應該是列奧納多離開米蘭的時候開始創作，即1493年至1499年之間的某個時候。在1503－1508年之間的訴訟中提到的《岩間聖母》應該是倫敦這幅，而非巴黎那個版本。藏于溫莎的一幅紅粉筆畫的可愛小孩側面像可以證明上述時間的準確。小孩的姿勢與倫敦版本的小基督的姿勢如出一轍，該素描的畫風也是15世紀90年代中期的典型風格。
《岩間聖母》是列奧納多最為神秘的作品之一。初看此畫，你很快就會注意到畫的前景中那幾隻形形色色的手——聖母的手為聖子遮光，天使的手指向一處，孩子的手作祝福狀。
畫中岩洞的景色已有前人畫過，比如菲利波·利比的《基督的誕生》（藏于柏林），以及曼特尼亞的《博士來拜》（作于15世紀60年代初，是為曼圖亞的貢扎加家族所作）。這兩幅畫都將基督的誕生地設置在一個不大的岩洞裏。不同之處在於：在列奧納多這幅畫裏，小基督與聖約翰竟然碰面了，按照傳統兩人應該是在聖家族離開埃及的途中相遇。（兩人的相遇並沒有出現在《聖經》裏，而是出現在聖雅各寫的福音書中。）岩洞裏荒無人煙，按照文藝復興時期的理解，那是個人跡罕至的地方。在列奧納多這幅最為靜謐的畫中似乎暗藏著一段故事。聖母子一家人走了一段路之後，人困馬乏，停下來休憩一下，但天色已晚，她們決定在岩洞裏過夜，洞裏雖然條件艱苦，卻可以保護一家人的安全。我前面已經提到過“岩洞”這個主題，這個主題出現在寫于1480年那段精彩的短文中，收錄在《阿倫德爾抄本》中。這幅畫不正表現了黑乎乎的洞中藏著的那個“奇妙之物”。望著此畫，我們不禁恍然大悟。我們似乎變成文中那個敘述者，“來到一個巨大山洞的洞口，之前從未聽説過這個山洞。我在洞口前佇立了半晌，驚訝萬分……”
自然景觀與虔誠的形象之間相互作用，一片美輪美奐的野花使之進一步加強，這些花都帶有某些宗教象徵。聖母頭部右側是耬鬥菜（colomba），它的名字廣為人知，象徵了“聖靈的鴿子”（colomba）。聖母右手上面的植物名叫“蓬子菜”，傳統上是馬槽的象徵。小基督腳下是仙客來，其心形的葉子使這種植物成為愛與虔誠的象徵，他膝蓋旁邊是報春花的基生蓮座葉叢，報春花代表美德，韋羅基奧的雕塑《手持一束花的女子》中的花也是報春花。跪著的聖約翰下面的植物也不陌生，它就是“茛苕”，一般種在墳墓上面，被認為是“重生”的象徵，因為春天時節它光滑而美麗的綠葉會迅速生長。畫中岩洞的檐口還挂著“金絲桃屬植物”，或稱“聖約翰花”，其黃色花瓣上的點點紅色象徵了聖約翰殉道時撒下的斑斑鮮血。畫家與高品味的觀者對這些聯繫的象徵意義都是心知肚明的，但是畫作的精確性和移情作用也表明這些植物並非虛構，我們看到的岩石和植物都是真實存在的，已經達到了神似的效果。作品的中心形像是聖母，受到“無沾成胎協會”頂禮膜拜，但從某種意義上説，她也是自然的女性化身——“所有主人的情人”，列奧納多也為此花費了不少心血。
