高達99.5億元的銀行貸款如何處理是決定肥礦改革路徑的核心問題，也是最大的難題：
首先是涉及債權銀行多、金額大，牽涉廣泛。邵澤武介紹，肥礦集團金融債務共涉及10家銀行，金額巨大。如果形成大量損失，將影響債權銀行的經營穩定和發展信心。重組成功與否，直接影響當地經濟社會穩定大局。
其次是影響力大，示範效應強。山東省銀監局局長陳穎説，肥礦債務處置是本輪山東國有企業化解過剩産能、“僵屍企業”出清工作中的首例，也是目前為止最大一單。如果處理不當，不僅將産生嚴重的負面示範效應，而且可能引發更大的區域性風險。
第三是溝通協調難度大。中國農業銀行山東省分行是肥礦集團債權人委員會牽頭銀行，行長益虎介紹，由於債權銀行較多，銀行同業協調行動難度較大;且肥礦集團屬於國有企業，相比較於民營企業，銀企溝通難度更大。為達成最終協議，肥礦集團債委會主席行之間召開會議商討48次，與企業正式談判多達39輪。
經過山東省國資委、山東能源集團和債權人委員會的反覆磋商，最終各方達成一致:將肥礦集團優質資産剝離組建肥礦煤業有限公司(簡稱“肥礦煤業”)，並承接50%銀行債務;肥礦集團和山東能源集團分別承擔30%、20%的銀行債務。
為確保新公司能盈利償債、母公司不因債務壓力而出現困難，債權銀行也進行了讓利：肥礦煤業承接的銀行債務可在8年內週轉使用，前5年利率執行中期流動資金貸款基準利率下浮10%；肥礦集團承接的債務按年利率0.6%計息且8年內不償還本金，第9年開始每年歸還20%本金；山東能源集團承接的銀行債務，前5年利率執行中期流動資金貸款基準利率下浮10%；山東能源集團及其他權屬企業存量貸款5年內按基準利率下浮5%。
邵澤武説，這一方案一是能夠顯著減輕企業財務負擔，有利於企業提高經營效率實現脫困發展。二是保證了銀行貸款本金安全，以時間換空間，最大限度維護銀行利益，避免企業“破産削債”對銀行經營業績造成巨大衝擊。三是確保了市場化、法治化原則，避免了對區域金融環境造成不良影響，有利於區域經濟社會穩定。據測算，改革重組後肥礦煤業年盈利能力大約為2億元，具備可持續發展和償債能力。
談判過程中，肥礦集團職工分流與安置工作也在有條不紊地進行著。肥礦集團擬定了解除勞動合同、競聘上崗、勞務輸出等9條分流安置渠道。為確保最終的分流安置方案能為職工知情、理解、接受，各礦井、各班組逐個職工“下訪”徵求意見，先後梳理了1000多條意見，由集團層面對職工進行解釋或對安置方案進行改進。
為使職工離崗後能儘快實現“再就業”，肥礦集團設立了轉崗再就業培訓基地，集中開設月嫂育嬰師、電商、電焊工、煤礦爆破工等各門類培訓，使轉崗職工擁有一技之長從而實現“轉崗不下崗”。在此基礎上，肥礦集團常態化收集創業資訊和就業機會，地企聯合舉辦礦區職工專場招聘，邀請山東省內和京津浙等地50多家企業前來招聘。目前，職工安置已經基本完成，1.5萬名職工得到順利安置。
肥礦集團拖欠多年的社保、醫療費等問題，也在山東省政府的政策和山東能源集團的資金支援下得到解決。截至2016年12月底，已有2829名離職人員完成社保的個案補繳，1177人順利辦理退休手續，8051萬元拖欠的醫療費得到報銷。
目前，肥礦煤業已完成註冊，債權銀行、山東能源集團、肥礦集團、肥礦煤業四方債務協議已簽訂完畢，肥礦集團改革重組平穩落地。
