實際推廣中存在的主要問題
傳統稻田養殖以一家一戶分散經營為主，主要滿足當地群眾自食需求，現代稻田綜合種養對技術、投入等要求更高，在實際推廣中還面臨諸多困難。
1．投入成本較大。稻田養殖需開挖溝涵、加固田埂，每畝成本需要200-400元，且每年需要維護，還需配套田間道路、給排水和電力工程等，部分地區易遭受水鳥危害，需建設防護設施和防止魚蝦逃跑的設施。此外，蝦、鱉等價值較高的水産品苗種購置一次性投入較大，僅靠種養殖戶自身投入存在較大困難。
2．技術服務支援較為薄弱。稻田綜合種養需要同時掌握種植和養殖技術，部分農戶技術應用不到位，影響了稻穀産量和養殖收益。基層農業技術推廣單位缺乏種養殖複合型技術人才，綜合服務能力較弱。社會化服務仍是短板，苗種供應、繁育和養殖技術推廣、病害防治、市場資訊服務等遠不能滿足農民的需求，制約了生産水準和經濟效益的提高。
3．政策扶持力度不夠。各地對稻田綜合種養的扶持政策主要針對示範地區，覆蓋面有限，缺乏全國層面的政策扶持。由於田間工程改造費和苗種購置費較高，農戶又難以獲得有效的金融支援，影響了農民參與的積極性。據湖南安鄉縣調查，70%的農戶由於缺乏信貸支援或借貸手續繁瑣，放棄了田間工程改造。
4．産業化經營水準低。稻田綜合種養還處於産業起步階段，種養區域分散，經營主體多數是小、弱、散的個體農戶。種植和養殖産業聯結機制不健全，養殖的水産品主要通過經紀人進行鮮銷，農戶在交易中話語權較弱。稻田養殖品種同質性較大，集中上市易造成市場價格下降，如果物流和加工能力跟不上，容易出現養殖水産品的“賣難”。