弗朗西斯科·戈雅是西班牙的大畫家，有人稱他為舊時代的最後一位畫師，新時代的第一位畫師，更有人稱之為畫家中的莎士比亞，足見對他評價之高。
出身寒苦的戈雅在西班牙苦苦奮鬥卻籍籍無名，兩次投考西班牙皇家美術學院都名落孫山。戈雅劍走偏鋒，參加一個鬥牛士劇團去了義大利，在這裡他觀瞻畫作如醍醐灌頂。他以勝利者漢尼拔站在阿爾卑斯山頂回望其所征服的義大利為題材畫了一幅油畫投稿參賽，獲得了第二名，之所以沒有位居榜首，據説是因為他把漢尼拔的目光描繪得過於熱情了。受到這樣的肯定，戈雅聲譽鵲起，再歸國時已是今非昔比。他34歲時擔任西班牙皇家美術學院院長，10年之後，又被授予“宮廷畫師”的頭銜，從此躋身上流社會。但是，如果認為戈雅僅僅滿足於富貴安逸，那就大錯特錯了。即便是他擅長的肖像畫，也沒有毛延壽之流的誅心陰暗，更不是描繪朱元璋者的刻意逢迎，他的名作《卡洛斯四世的一家》，盡顯所謂國王家族的愚蠢粗魯和輕薄無知，而戈雅更把自己置身其中，冷眼旁觀，也真是畫壇一絕。
身為西班牙舊王室宮廷畫師的他同時被藝術史家歸入浪漫主義，這一事實本身就足以讓人們對他與歐洲歷史上最大的一次浪漫主義風暴即法國大革命之間的關係産生興趣。電影《戈雅的幽靈》大體上是依據對戈雅的油畫名作《裸體的瑪哈》與《著衣的瑪哈》的捕風捉影敷衍而成。電影以1792年法國大革命的高潮為開端，此年的戈雅已經46歲。法王在這一年被送上斷頭臺，拿破侖任命自己的弟弟約瑟夫為西班牙的新國王。當新王檢閱前朝遺物時，他表達了拿破侖對戈雅畫風的欣賞。但戈雅這位非常支援革命的大畫家面對革命逐步陷入迷狂而産生了深深的動搖與質疑：這難道就是我渴望的革命？法國人在西班牙的蠻橫殘暴飛揚跋扈更是令戈雅深感絕望，1808年5月3日的大屠殺，讓戈雅目瞪口呆難以置信。六年之後，戈雅創作了流傳至今的名畫《1808年5月3日的槍殺》，與《1808年5月2日的起義》成為姊妹篇。
電影中有兩個主要人物修士洛倫佐和富商之女伊內斯。在洛倫佐的建議和推動下，過去五十年僅僅處決了八人的教會現在要以嚴厲的方式對待異端分子，尤其是猶太教、新教和伏爾泰。伊內斯曾是戈雅的模特，她由於被懷疑是猶太教徒而遭到迫害，儘管她的家庭早已經改宗天主教了。在她父親的懇求下，戈雅促成了洛倫佐親赴富商的家宴。修士並不知道，除了大筆的酬金之外，富商還給他準備了一個圈套。洛倫佐親身體驗了宗教裁判所的酷刑，上帝沒有給他抗拒痛苦的力量，他在一份荒謬的供認狀上簽了字。以此為要挾，富商要求洛倫佐想辦法釋放他的女兒。然而，教會收下了富商的捐贈，但拒絕釋放伊內斯。毫無辦法的洛倫佐在富商公佈那份供認狀之前姦污了伊內斯，逃到了法國。教會焚燒了戈雅為洛倫佐繪製的肖像。在火焰和人群的喧囂中，戈雅的聽力出現了問題。等到十五年後，遲來的大革命終於在拿破侖的槍炮下降臨了西班牙，這位畫家已經完全失聰了。而把法國人引領到西班牙的，竟然就是當年潛逃的洛倫佐。現在的他搖身一變，成了大革命和伏爾泰的忠實信徒。馬克思的《西班牙的革命》對此有極為透徹犀利的分析解讀。
在新的政治格局之下，天主教會被取締，修士被判刑，裁判所中的囚犯被釋放，伊內斯也重見天日。她的家人已經在戰火中死於非命，她找到戈雅，拜託他尋找當年在獄中生下的女兒。戈雅去向洛倫佐求助，但當洛倫佐發現孩子是自己的骨肉時，他選擇了掩蓋真相。伊內斯被他送進了瘋人院。戈雅在寫生時偶然發現了伊內斯的女兒阿莉西婭，她已經成了妓女。戈雅執意要讓她們母女相見，但洛倫佐派兵把這些妓女全部虜走，準備送往美國。此時拿破侖戰敗，英軍從葡萄牙海岸登陸，直指馬德里。洛倫佐在逃跑時被俘，妓女們也被英軍虜獲，阿莉西婭又成了英軍將領的新歡。從瘋人院被贖出來的伊內斯在混亂中撿到了阿莉西婭被擄走時留下的嬰兒，一無所知且神志不清的她把這個嬰兒當作了她與洛倫佐的女兒。英國人成了天主教會的保護者，修士們重掌權力，洛倫佐被絞死，屍體被驢車拖走。伊內斯抱著嬰兒緊追不捨，驢車四週是歡快的兒童和歡快的童謠。老年戈雅步履蹣跚地跟在後面。
當拿破侖的軍隊入侵西班牙之時，失聰的戈雅已經聽不見隆隆的炮聲了，他當然也聽不見洛倫佐慷慨激昂的演説和沸騰群氓的喧囂。畫作只能夠表達畫家對這個世界的理解，理解的模式來自畫家的經驗，而戈雅的最獨特之處，就在於他完全依賴眼睛。究竟是拿破侖的大炮還是讚美自由的演講更能代表大革命？他們的耳朵領受著炮聲的震撼和演説的魔力。對戈雅而言，他聽不見了。他似乎是一位局外人在觀看一幅斑駁蕪雜波瀾壯闊的圖畫，然後再把他看到的畫下來。失聰之前的畫家創作，無論怎麼逼真肖似，都只能是柏拉圖意義上的虛假，畫家試圖描摹的是他身處其中的世界。電影曾有一個意味深長的畫面：不堪酷刑的伊內斯哀號著：“告訴我真相是什麼”，鏡頭卻切換到戈雅創作自畫像的情景。戈雅在創作自畫像時，他不是在畫自己，而是在畫自己在鏡中的影子。
影片中有兩個人看到了這種區別。除了戈雅，就是伊內斯的父親。這位猶太裔的富商是一位手段老辣的商人。但畫家和商人的關係比我們設想的要複雜得多。戈雅詢問洛倫佐，是否要將他的手畫進肖像裏。一隻手兩千，兩隻手三千。畫家根據買主的出價變換肖像的形式。同時，畫家也描繪讓自己心醉神迷的美。他為伊內斯畫肖像，稱她為具有魔力的女巫。戈雅是如此著迷于她的美，甚至以她為原型，創作了大教堂穹頂上的天使。在洛倫佐與戈雅的最後一次對話中，面對後者的指責，前者反過來聲稱西班牙是個大妓院。被激怒的戈雅提起洛倫佐的變節，而這位從前的修士卻回答他：我有信仰，而你為酬金工作，誰出錢，就為誰作畫。因此，你就是娼妓。古道熱腸的戈雅竟然符合我們對不道德的評價標準，而壞人洛倫佐反倒符合為信仰獻身的義人形象。正義的經驗同正義的模式再次強烈地衝突。我們如何理解，一個因為身體上的痛苦背叛信仰的修士，居然能夠為他的新信仰而引頸就戮？在修士洛倫佐和革命者洛倫佐之間，究竟發生了怎樣的身份置換？
影片中，在別的修士痛斥戈雅為邪惡的鼓吹者時，修士洛倫佐如何用他的親眼所見證明了戈雅的畫表現了世界的真相。而根據洛倫佐，教會的職責便是把戈雅發現的邪惡剷除掉。他暗示，教會的正義並不是神義論的推論，而是神義論的執行。或者説，神義論不是一個既成事實，而是在教會同邪惡的戰鬥中實現。每一次對邪惡的經驗，都觸發了征服邪惡的熱情，而對邪惡的征服被經驗為正義本身。對正義的經驗因此同對邪惡的經驗密不可分。然而洛倫佐搞錯了，畫家筆下的幽靈不是畫家的經驗，而是聯繫著一種模式的理解。洛倫佐説他親眼見過一個婦女，就是戈雅筆下的樣子。這暴露了他的自我無知：他的經驗不能確證戈雅筆下的形象，因為與他的經驗相吻合的不是幽靈的形象，而是幽靈的形象在他那裏引起的經驗。他訴諸經驗，卻不理解他是在通過某種特定的模式理解他的經驗。他不需要找到正義的經驗來填充正義的模式，但他依然需要通過某種模式來發現邪惡。正如他向耳目們講授如何識別異端時，不得不借助欠缺實際經驗的方法：我們發現一個邪惡的人，不是因為看到他作惡，而是因為他閱讀伏爾泰，或者他把教堂稱作聖殿，又或者在伊內斯的案件中，她不吃乳豬肉。兩件事改變了修士洛倫佐：對伊內斯的慾望和富商的私刑。通過愛欲和痛苦，他不再將世界當作一幅畫。當面對一幅畫時，沒有任何經驗會改變觀察者理解這幅畫的模式，因為它所喚起的經驗正是基於這一模式。然而當他遭遇到某種強制性的、不可違抗的經驗的時候，原先在暗中支撐並整合著經驗的模式就失效了。洛倫佐必定意識到，讓經驗來檢驗模式是危險的，不如用模式來支配經驗，把不符合模式的經驗抹去。光明是大革命的彼岸，而期間的鮮血根本就不算什麼。無論是對教會的報復心，還是遮掩舊日過失的意圖，都被修葺一新。毫不奇怪，面對死亡，他一點不害怕，因為死亡恰恰意味著經驗的被消除。沒有什麼比死亡更能確立他的信仰了。革命者洛倫佐到修士洛倫佐的改變，在於洛倫佐成了更純粹的修士。
如今的洛倫佐的語氣不過是當年在教廷會議中與他針鋒相對的修士的翻版。修士將戈雅的模特稱為娼妓。在修士看來，娼妓是一切污穢之物的代表。但既然戈雅已經失聰，“人世的畫卷”已經從比喻變成了現實，阿莉西婭就順理成章地進入了我們的視野。妓女阿莉西婭不過是把修士的隱喻搬到現實之中，她代表了洛倫佐同伊內斯結合的真相。不過，阿莉西婭必定從他的外祖父那裏遺傳到對金錢的敏銳嗅覺。作為英軍將領的新歡，她會成為即將到來的新秩序的一部分。這個新秩序的原則，是一切都可以出賣。伊內斯把初生的嬰兒當作自己的女兒，她從不知道她的女兒是一名妓女。戈雅跟著伊內斯，遠離了時代的洪流。
現實中的戈雅在1924年離開西班牙，出走法國的波爾多，算是流亡異國他鄉，這個時候，他已經78歲高齡了。在這裡的戈雅，雖然已經失聰甚至失明，但他仍然不願意放下自己的畫筆。他要揭露人間的罪惡，他要嚴斥社會的不公，他要呼喚人性的尊嚴，他在1828年4月16日，帶著遺憾和憤懣與世長辭，享年82歲。70年後，他魂歸馬德里，骨灰被安放在聖安東尼奧德拉佛羅裏達教堂。在181年之後，有幾位中國後生在六朝松下的一間教室裏，看著畫冊上他的油畫、素描、銅版畫，他的《抱水罐的姑娘》的幽美明凈令人癡迷、《拙劣的詩人》中的書報檢查者、《有文化教養的驢子》的心不在焉麻木不仁愚蠢顢頇、《鬥牛史》系列的驚心動魄、更有他的《1808年5月3日的槍殺》的悲壯激昂無助恐懼，令人默默流淚，一言不發。戈雅的畫獨特而多元，既有印象畫派的輕快亮麗富麗堂皇，更有裸體瑪哈的綽約風情甚至不無香艷，更有控訴暴力反省戰爭鞭撻醜惡揭露戰爭的憤怒，也有表現鬥牛場上緊張刺激複雜人性的真切刻畫，如黃山雲海魁偉多變，不可方物。也許正是因為戈雅作品的豐富繁盛，群峰連綿，博大精深，他才有了畫壇莎士比亞的推許吧？