資金問題還體現在資金支援缺乏導致制度運作困難。呂忠梅稱，民間環保組織籌資渠道少、社會資源不足，提起公益訴訟面臨著無力承擔環境污染調查取證及鑒定的高額開支，無力組織專業素質高的公益訴訟團隊，不利於環境公益訴訟的順利進行。
因此，在基金的使用問題上，呂忠梅建議，建立支援環境保護團體提起公益訴訟資金使用制度，將必需的調查、鑒定、評估、研究、律師代理等費用納入支援範圍，明確申請與審核程式。“（這也是）為了鼓勵民間團體提起公益訴訟，”呂忠梅表示。她還強調，必須明確生態修復資金使用主體，申請和核準程式，根據司法判決確定的生態修復內容，對申請人進行生態修復方案可行性與資金使用效益等全面審查。
此外，呂忠梅在建議中表示，應完善基金監督制度。建立基金使用申請專家審查制度，委託專家進行獨立評審並對結果負責；建立基金使用績效審計制度，保證基金合規合理使用；建立基金使用公開制度，確保資訊透明、運作規範、公眾參與、富有公信。（來源：澎湃新聞）