1905年，于右任、邵力子等原震旦公學學生脫離震旦，擁戴馬相伯在吳淞創辦復旦公學。校名擷取自《尚書大傳•虞夏傳》“卿雲爛兮，糾縵縵兮；日月光華，旦復旦兮”兩句中的“復旦”二字，本義是追求光明，寓含自主辦學、復興中華之意。馬相伯、嚴復等先後擔任校長。1913年李登輝開始擔任校長，一直到1936年。在他長達23年的校長任內，復旦發展成為一所以培養商科、經濟、新聞、教育、土木等應用型人才聞名的、有特色的私立大學，形成了從中學到研究院的完整的辦學體系。
1949年6月，上海市軍管會接管復旦。軍管會任命張志讓、陳望道擔任校務委員會正副主任委員。1952年2月，中共復旦大學委員會成立，李正文任書記。1952年8月至9月，華東地區進行院係大調整，復旦大學成為人文社會和自然科學的全國重鎮，奠定了後50年學科發展的基本格局和師資基礎。
1984年，復旦大學成立研究生院。同年，再次被國務院批准為國家重點建設的10所高校之一。1993年2月，復旦大學提出了“追求優質，爭創一流，明確復旦作為高校國家隊的坐標位置”的發展大計，並逐步確立“建設世界一流大學”的總體奮鬥目標。
1994年，復旦大學通過由國家教育部組織的“211工程”部門預審，提出了在21世紀初期，將復旦大學建設成為高層次人才培養、高水準科學研究、高科技成果轉讓和高規格決策諮詢的中心和基地，成為學術思想活躍、學科特色鮮明、綜合實力雄厚、精神面貌健康奮發、與上海國際化大都市地位相稱的、具有世界一流水準的社會主義綜合大學的總體奮鬥目標，為此後十年制定了發展藍圖。1995年5月22日，中共中央總書記江澤民為復旦大學題詞：“面向新世紀，把復旦大學建設成為具有世界一流水準的社會主義綜合性大學。”
1999年國家教育部、上海市政府簽定共建復旦大學的協議，復旦成為“985工程”的首批建設高校。2000年4月27日，復旦大學與上海醫科大學強強聯合，成立新的復旦大學。
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（據復旦大學官網）