寶座頂部的臺面四週繞以石護欄，東西各有一罩亭。罩亭為琉璃磚倣木結構，亭之南北各開一券門通臺面。五塔錯落有致的建在寶座頂部，大塔立於中央，四角各置一小塔。五塔均為密檐式，以青石砌成。中央大塔高約八米，塔頂冠以仰蓮、相輪、華蓋寶珠組成銅制塔剎。塔座南面正中刻有佛足跡一對，是佛的象徵，有“佛跡遍天下”之意。傳説佛祖圓寂之前留足跡於摩揭陀國一塊石頭上，後人刻佛足以示敬仰。在我國有十余處佛足跡，北京地區僅此一處。佛足跡旁刻蓮花、八寶等紋飾。傳説印度高僧帶來的五尊金佛就藏在這座塔中。四角小塔形同大塔，高度約低度一米，塔檐十一層，塔剎為石制。
1961年五塔寺經國務院公佈為第一批全國重點文物保護單位。1980年北京市人民政府批准成立五塔寺文物保管所，1982年對外開放。1987年10月6日，正式成立北京石刻藝術博物館。 館藏有石刻文物幾千件，寺內還開闢了“金剛寶座塔資料陳列室”和“中國古塔圖片展覽室”等，以供遊人觀賞研究。（尤紫璇）
