清代，乾隆皇帝為其母親做壽而兩次重修五塔寺，並將最為熱鬧繁華的場景繪成了畫，可從畫中看到當年五塔寺作為皇家寺院的與華麗建築格局和宏大氣勢。
到了民國初期，五塔寺在一片瓦礫中僅剩孤零零的塔身，寶塔上的銅制鎏金塔剎也多次被盜，後來，當時的北平政府對寺院進行了修繕，和塔同齡的兩株銀杏樹得以保存。
