2003年10月，浙江長興縣縣委辦下發文件，在全國率先對城區河流試行河長制，由時任水利局、環衛處負責人擔任河長，對水系開展清淤、保潔等整治行動，水污染治理效果非常明顯。2004年，時任水口鄉鄉長被任命為包漾河的河長，負責噴水織機整治、河岸綠化、水面保潔和清淤疏浚等任務。河長制經驗向農村延伸後，逐步擴展到包漾河周邊的渚山港、夾山港、七百畝鬥港等支流，由行政村幹部擔任河長。2008年，長興縣委下發文件，由四位副縣長分別擔任4條入太湖河道的河長，所有鄉鎮班子成員擔任轄區內的河道河長，由此縣、鎮、村三級河長制管理體系初步形成。
2008年起，浙江其他地區湖州、衢州、嘉興、溫州等地陸續試點推行河長制。2013年，浙江出臺了《關於全面實施“河長制”進一步加強水環境治理工作的意見》，明確了各級河長是包乾河道的第一責任人，承擔河道的“管、治、保”職責。從此，肇始於長興的河長制，走出湖州，走向浙江全境，逐漸形成了省、市、縣、鄉、村五級河長架構。
