神秘坑洞邊緣比較光滑，並不像是天體撞擊形成的，因為我們已經知道月球上的環形山、撞擊坑的形成機制，天體撞擊後的衝擊模型顯示坑洞不是撞擊導致，那麼是什麼原因形成的?
賓夕法尼亞州卡內基梅隆大學的科學家威廉與NASA合作，該研究小組負責調查神秘空洞的形成原因。當這些照片被公佈時，外界認為這是外星飛船在月球上建設基地的證據，指出月球內部可能已經被改造成外星基地。那麼果真如此嗎?NASA研究小組發現坑洞的形成來自內部坍塌，模擬研究發現月球內部的熔岩形成了巨大的空洞，距離表面較近的空洞坍塌後形成了坑洞。
這個發現令人驚訝，從側面證實月球內部有部分空腔結構，與阿波羅宇航員地震儀的觀測結果吻合，此前就有科學家指出月球內部存在部分空腔的猜想。於是NASA科學家提議可派遣機器人進入這些熔岩冷卻形成的空洞中，我們未來的月球基地可以建造在月球內部，利用天然的表面避開危險的宇宙射線。
