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抗新型冠狀病毒藥物篩選虛擬模型開放共用

來源:科技日報    時間:2020-02-07 10:10:35    編輯:陳姝悅


  6日,青島海洋科學與技術試點國家實驗室(以下簡稱海洋試點國家實驗室)傳來喜訊:為了加速對抗新型冠狀病毒的藥物篩選進程,海洋試點國家實驗室基於“藍色藥庫”研發基礎,利用全國各地科學家們貢獻的海洋天然産物資訊,通過生物資訊學分析研究病毒基因的保守性,結合知識圖譜技術收集類似蛋白結構資訊,確立了病毒配體Spike蛋白、病毒受體ACE2蛋白、病毒蛋白酶PLpro(papain-like protease)和Mpro(3C-like protease或main protease)、介導病毒RNA帽子的甲基化修飾的nsp16、與病毒轉錄複製相關的RdRp(RNA-dependent RNA polymerase)和潛在的病毒用於干擾宿主免疫的X domain蛋白共7個藥物篩選靶點,通過同源模建、分子動力學模擬等手段,構建了可直接用於虛擬藥物篩選的靶點口袋。
 
  據海洋試點國家實驗室科研人員介紹,上述這些數據資訊已于2月2日向全社會開放共用。
 
  據不完全統計,從開放到2月6日的4天時間裏,有來自國內外高校、醫藥企業和科研院所等近百家單位進行了註冊下載。據分析,對目前7個靶點模型關注熱度不盡相同。依據下載頻次,目前關注度較高的為“Spike蛋白的RBD”靶點,其他6個靶點關注度基本相似。
 
  共用資訊發佈後,多家研究機構及藥企的科研與工程技術人員圍繞藥物虛擬篩選、篩選數據分析、藥物計算軟體開發與應用以及化合物藥理研究等方面與海洋試點國家實驗室科學家進行了深入交流和研討,提出了許多有益的建議,並探討合作機制和途徑,進一步推動了相關後續工作。
 
  為打贏新型冠狀病毒疫情防控阻擊戰,海洋試點國家實驗室將繼續發揮多學科交叉、大平臺、大協作的優勢,不斷拓展藥物苗頭分子篩選數據庫。目前,針對病毒靶點的分子對接和分子動力學模擬計算正在緊張進行之中,據預測有望獲得2000余個苗頭化合物,同時加速研究分子與細胞水準的生物實測驗證。這些數據資訊海洋試點國家實驗室將會加快向全社會開放共用,以推進防控藥物研發進程。(王建高)

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