調任藥學院黨委書記的第二天，馮翠玲便遭遇“當頭一棒”—時任院長、藥學院創始人之一趙康要離職。趙康曾長期在國外工作，2001年回國參與創辦藥學院。然而，他與學院其他負責人在辦學理念上有差異，各項工作幾乎陷入停滯。
馮翠玲知道趙康銳意改革，對他説：“藥學院是你一手推動建立的，規模還小，改革方案容易實施。給我一點時間，我會全力配合你的行政工作，如果你覺得我們配合不了，再走也不遲。”
