全國股轉系統數據顯示，截至2016年12月19日，新三板掛牌公司數量達10000家，總股本5698億股，總市值約3.87萬億元。2013年全國股轉系統揭牌運營以來，共有3784家掛牌公司完成5659次股票發行，融資2525.84億元，平均單次發行融資4463.40萬元。其中，2016年以來掛牌公司完成2705次股票發行，融資1167.56億元，平均單次發行融資4316.29萬元。掛牌公司累計披露重大資産重組和收購537次，合計交易金額884.41億元；其中2016年以來掛牌公司披露並購重組308次，交易金額523.65億元。
從掛牌企業的構成來看，中小微企業合計佔94.61%，平均成立年限9.85年。掛牌公司中高新技術企業佔比65%，先進製造業、現代服務業佔比合計72%，戰略性新興産業佔比25%。2014年、2015年、2016年上半年，掛牌公司(剔除金融業)平均營業收入同比分別增長10.86%、17.33%、18.39%，平均凈利潤同比分別增長23.55%、34.61%、21.44%。與此同時，新三板市場也是多層次資本市場中改革最為迅速的板塊。資料顯示，今年以來，股轉系統先後推出了《新三板分層管理辦法(試行)》、《新三板終止掛牌實施細則(意見稿)》。12月13日，全國股轉公司發佈私募機構做市業務試點首批10家入圍機構名單，私募做市近在咫尺。
北京新鼎榮盛資本管理有限公司董事長、總經理張馳認為，新三板一躍成為全球掛牌數量最多的股權交易市場，下一步就是質的提高。
流動性困境是新三板市場目前面臨的最為尷尬的“成長的煩惱”。股轉系統數據顯示，2016年以來，新三板掛牌公司累積成交僅1772億元，其中，做市成交累計為904億元。WIND統計數據則顯示，2016年以來，僅有2183家有協議轉讓成交，其中成交金額在億元以上的只有128家；僅有1605家(包括協議轉做市的56家企業)有做市轉讓成交，其中成交金額在億元以上的僅有163家。也就是説，一萬家掛牌企業中，有超過6成企業掛牌以來無人問津，絕大多數掛牌企業在掛牌之後股票並沒有流動性。
業內人士普遍呼籲，儘快推出新三板市場流動性所有解決方案。企巢新三板學院院長程曉明表示，新三板市場發展到現在，交易始終不活躍，為了解決融資的問題，就必須解決交易的問題。
全國股轉公司監事長鄧映翎表示，新三板掛牌公司規範程度較低，投資機構盈利模式不清晰，這決定了其流動性不可能高。只有大浪淘沙，讓新三板公司接近可以做IPO的程度，這個時候才敢放低門檻，讓大量的投資人進來買股票，新三板的功能才會發生大的轉變。
