學校健康教育是基礎素質教育的一部分，一直以來，全國絕大多數學校都因地制宜、探索性地開展了多種形式的學校健康教育活動。“舉辦關於拒絕抽煙、拒絕二手煙的講座，組織預防近視的班隊主題活動，製作營養科學普及的手抄報……”在北京大學醫學部公共衛生學院教授常春看來，這就是現在許多學校開展校園健康教育的主要方式，“調研所到的學校都能按照教育部文件的要求，開展健康教育活動，也有很多優秀案例”。
但在課程設置上，健康教育在整體的課程體系中的地位仍不明確。“幾乎所有學校開設的課程都叫體育健康課，體育健康課在實際中還是以體育課為主，一些學校只有下雨天才把孩子們放在教室裏上一堂健康課，由於是體育老師任課，講的內容也大多和運動有關，如體育精神、體育訓練中的自我保護以及體育鍛鍊方面的知識，其他方面的健康知識很少涉及。”在常春看來，這樣的教學方式無法真正達到健康教育的目的。
教育部2008年出臺的《中小學生健康教育指導綱要》取消了對健康教育的課時要求，提出要將健康教育“有機結合滲透”到其他課程當中。常春認為，強制學時要求淡化後，雖然學校健康教育活動較多，但是不能覆蓋所有學生，學生從活動中學到的健康知識和技能也是零散、不系統的，影響了學校健康教育的預期效果。
“‘滲透’的理念是好的，但是現階段由於缺乏明確具體的融入、落地甚至考核的形式，學校受到課程壓力的影響，在組織健康教育課程時難免會不盡如人意。近年來，學校和社會一直提倡給學生減負，學業課時總量減少，學生要把時間放在學習需要高考的課程上，健康教育不需要高考，在這方面的時間投入自然就會更少。”常春説。
一份涉及11118所小學和初中的調查研究表明，已開設健康教育課並定期上課的學校僅佔64.6%，小學(63.9%)略低於初中(67.1%)；開設但沒有上課的佔3.6%；開設不定期課程的佔21.3%。同時，還有學校老師反映，規定的學科教學每學期應安排6～7課時，尚不能得到有效落實。從學校層面來看，有些學校領導不重視健康教育課，即使有課時，也經常被擠佔。有健康教育教師更是表示，“健康教育成了良心活兒，有責任心的教師認真教，沒責任心的教師隨意教。”
對此，常春呼籲，健康教育對於青少年是“剛需”。“高年級學生有了自學的能力，但是至少應該保證義務教育階段每週不低於0.5學時的健康教育課時。”她建議，要把健康教育作為素質教育的重要內容納入義務教育課程計劃，並把每週安排0.5課時健康教育課，確定為中小學法定責任。在嚴格落實健康教育課時、強調“強制學時”的同時，也可以拓展更多元的教學方式，比如拓展“網際網路+健康教育”的內容供給，提供網課，讓有自學能力的孩子可以線上學習。
“作為家長，我們也非常希望學校能夠提供系統的健康教育。”鄔婧女士的女兒上五年級，近年來，關於女童遭性侵的新聞屢見於媒體，這讓她越來越重視對女兒進行“性教育”。在她看來，“性教育”是青少年健康教育非常重要的一部分，對於孩子的保護，應該是家庭、學校、社會多方面合力完成的，“我們家算比較開明，能夠意識到這個問題，還有很多家長是意識不到的。尤其是農村地區，家庭健康教育嚴重缺位，學校如果不能兜底，孩子們在這方面就是一張白紙了。所以，學校每週多抽出一節課來讓孩子學會更好地愛護自己，沒什麼不好。”（李翀）