陳寅恪在1920年代倡導，為人治學當有“自由之思想，獨立之精神”。1953年已決定其為中國科學院歷史研究所第二所所長。在他1953年12月1日的《對科學院的答覆》裏，提出就任所長的兩個條件。第一條：“允許中古史研究所不宗奉馬列主義，並不學習政治。”第二條：“請毛公或劉公給一允許證明書，以作擋箭牌。”並説：“其意是，毛公是政治上的最高當局，劉公是黨的最高負責人。我認為最高當局也應和我有同樣看法，應從我之説。否則，就談不到學術研究。”遂不能就任。仍任教于中山大學。此事于20世紀80年代方公之於世。