1935年中央紅軍與紅四方面軍會師後重組的中國工農紅軍總政治部，因張國燾分裂黨和紅軍隨張南下，中共中央率軍委縱隊及紅一方面軍主力到達陜北後，又成立了西北軍委總政治部。這兩個總政治部同時並存長達一年之久。
紅軍總政治部的組建及演變。1935年6月中央紅軍和紅四方面軍在懋功會師時，由於張國燾向黨爭權，黨中央為有利於團結，于7月18日任命張國燾為紅軍總政治委員，並任命秦邦憲為紅軍總政治部主任。從7月起，在毛兒蓋地區總政治部改以四方面軍政治部組成，原一方面軍的總政治部結束。此後，紅軍總政治部隨被張國燾挾持的紅軍總部等南下川康邊。
1935年10月5日，張國燾成立第二“中央”、“中央軍委”等，公開打出反黨旗幟。張國燾不顧黨中央命令，取消了紅四方面軍的名義，在紅軍總部下保留了前敵指揮部但未設立前敵政治部。當時的紅軍總政治部實際上兼紅四方面軍政治部。1936年4月初，張國燾被迫表示準備率軍北上，在甘孜地區對部隊進行了整編。重新恢復了紅四方面軍番號，健全了紅四方面軍總指揮部。開始重新組建紅四方面軍政治部，主任周純全，副主任李卓然。同時仍然保留著“中國抗日紅軍總政治部”組織。主任仍由陳昌浩兼任，副主任李卓然。6月6日，張國燾被迫取消了他的第二“中央”。不久紅二、六軍團長征到達甘孜與紅四方面軍會師。7月初，紅二、四方面軍揮師北上。
1936年10月10日，紅軍第一、二、四方面軍在甘肅會寧會師。10月12日，徐向前、陳昌浩、李卓然致電毛澤東、周恩來、彭德懷、楊尚昆並轉一方面軍全體同志，表明紅四方面軍領導人承認隨黨中央在一起以楊尚昆為主任的軍委總政治部的領導。從此沒再用“紅軍總政治部”的名義。
軍委總政治部的成立與演變。1935年8月5日黨中央毛兒蓋、沙窩政治局會議決定，8月8日正式恢復紅一方面軍總部，任周恩來為司令員兼政治委員。同時成立方面軍政治部。8月19日黨中央召開常委會議，討論中央常委分工，決定“毛澤東負責軍事”“王稼祥負責政治部工作”。這種分工是黨中央針對張國燾爭奪兵權採取的必要的組織措施，以加強黨中央對紅軍的最高的統一領導。
1935年9月12日，黨中央決定將紅一、三軍團與軍委縱隊編為中國工農紅軍陜甘支隊，暫時取消紅一方面軍番號。將方面軍政治部改稱陜甘支隊政治部。1935年11月3日，黨中央決定“恢復紅一方面軍番號，彭德懷任司令員，毛澤東任政治委員”。11月8日軍委任命各部局領導人，軍委政治部主任王稼祥，副主任楊尚昆。
1936年5月18日，黨中央、軍委發佈西征戰役計劃，決定以紅一方面軍組成西方野戰軍，任命彭德懷為司令員兼政治委員。由軍委政治部兼中國人民紅軍抗日先鋒軍總政治部大部人員組成西方野戰軍(仍兼紅一方面軍)政治部隨軍西征。5月下旬，由軍委政治部兼中國人民紅軍抗日先鋒軍總政治部少數人員與軍委後方政治部合併，成立了軍委總政治部，隨黨中央及軍委留在後方瓦窯堡，後移駐保安。
1936年9月21日，黨中央及軍委致電朱德、張國燾、任弼時等提出“以六人組織軍委主席團，指揮三個方面軍”，即毛澤東、彭德懷、王稼祥、朱德、張國燾、陳昌浩為主席團成員，對此張國燾未表異議。10月10日紅一、二、四方面軍在會寧勝利會師。10月12日，紅四方面軍領導人致電“黨中央及總政”領導人，明確表示承認軍委總政治部對全軍政治工作的統一領導。