1934年秋，中央革命根據地的第五次反“圍剿”因“左”傾教條主義錯誤領導而招致失敗，中央紅軍被迫撤離根據地進行長征。長征前，瞿秋白並不知道中央決定突圍轉移的戰略意圖。直到部隊出發前夕，他才知道這一消息，當即表示希望和大部隊一道行動。但“左”傾教條主義者卻拒絕了瞿秋白這一正當要求。據張聞天同志回憶：“瞿秋白同志曾向我要求同走，我表示同情，曾和博古提出，博古反對。”當時，毛澤東積極支援瞿秋白同志參加長征，但“左”傾教條主義者剛愎自用，又拒絕了毛澤東的意見。據吳黎平回憶：“中央局決定不讓瞿秋白同志（當時是中央政府教育部長）跟紅軍走。聽了這事以後，我心裏很難受。一方面向毛澤東同志説，‘這怎麼成？秋白同志這樣一個有名的老同志難道能夠不管，要他聽任命運擺布？’請求毛澤東同志給中央局説説。毛澤東同志説，他很同情秋白同志，他曾説過，但他的話不頂事。”毛澤東是很了解和尊重瞿秋白的。大革命時期，他和瞿秋白是反對陳獨秀右傾機會主義的親密戰友，在王明錯誤路線統治時期，他倆都遭受了王明“左”傾教條主義者的排擠和打擊。這時，毛澤東惦念著瞿秋白同志的艱難處境。據聶榮臻同志回憶：當部隊即將出發時，他到瑞金去看望毛澤東同志。“毛澤東同志聽我們説到轉移，就説：‘你們知道了？’我説：‘我們接受任務了。’我們這次去見毛澤東同志，本想打聽一下轉移去哪個方向，可是他就談到這裡，不往下談了，卻提議一同去看看瞿秋白同志辦的一個圖書館。”毛澤東之所以提出去看望瞿秋白創辦的圖書館，一方面表達了他對瞿秋白同志在中央根據地艱辛開拓文化教育工作的重視；另一方面也表示了臨行前他對戰友的惜別之情。
“左”傾教條主義者的宗派主義幹部政策是很不得人心的。當他們拒絕瞿秋白參加長征時，立即引起了不少幹部的不滿和意見。“左”傾教條主義者文過飾非，散佈什麼瞿秋白“患有肺病，身體很差”，李德則説：瞿秋白不能長征“只是由於他的重病”，等等，企圖以此掩蓋他們不可告人的目的。即便是瞿秋白同志身體不好，也不足以成為阻攔他與紅軍長征的理由。對此，伍修權同志揭露得好：“有的為‘左’傾路線領導者不喜歡的幹部，則被他們乘機甩掉，留在蘇區打遊擊，如瞿秋白同志，身體根本不適應遊擊環境，也被留下，結果使他不幸被俘犧牲……事實證明，像董老、徐老等年高體弱的同志，由於跟主力紅軍行動，都被保存了下來，安全到達了陜北。”這一針見血地戳穿了“左”傾教條主義者編造的謊言，也指出了“左”傾宗派主義幹部政策的危害。
10月中旬，中央紅軍陸續出發了。瞿秋白和戰友們依依惜別，心情十分激動和不安。吳黎平説：“我請秋白同志到家中吃飯。這次秋白同志情緒特別激動，喝酒特別多。他説：‘你們走了，我只能聽候命運擺布了，不知以後怎樣，我們還能相見嗎？如果不能相見，那就永別了。我一生雖然犯過錯誤，但對黨對革命忠心耿耿，全黨同志有目共見。祝你們前途順利，祝革命勝利成功，我無論怎樣遭遇，無論碰到怎樣逆境，此心可表天日。”
瞿秋白是中共民主集中制的模範執行者。他雖然對“左”傾教條主義者不讓他參加長征很有意見，但他最後仍然服從了組織的決定。後來，他留在江西中央革命根據地堅持遊擊戰爭，任中共中央江西分局宣傳部長。1935年2月，瞿秋白在福建長汀不幸被敵人逮捕，最後，英勇地犧牲在敵人的屠刀下。