北伐戰爭是國共兩黨合作進行的革命的、正義的戰爭。戰爭形勢發展迅猛，取得了很好的效果，陳獨秀作為中共中央的領導人，對北伐是積極倡導和熱心支援的。他雖因病未能參加準備北伐的中共北京特別會議，但是從上海致電會議，表示“必須解決北伐問題”。
北伐戰爭以來，農民運動有了迅猛發展。僅以農協會員發展為例。在湖南，1926年12月第一次農民代表大會召開時，只有會員130多萬，到1927年2月間就發展到200萬人，到4月底，激增至500多萬人。在湖北，1926年底只有28萬多會員，到1927年3月初，增加到80萬人，以後又激增到250多萬。在江西，1927年2月間，農協會員也由1926年底的5萬多發展到38萬多人。1927年春，全國已有五省成立了農民協會。全國農協會員曾發展到九百多萬人。正如毛澤東同志所説：短短幾個月，造成了一個空前的農村大革命，成就了40年乃至幾千年未曾成就過的奇勳，從根本上動搖了帝國主義和封建勢力的基礎。隨著革命高潮的到來和農民運動的澎湃發展，陳獨秀錯誤的認為左派的活動過火，導致了共産黨與國民黨的摩擦，他由支援北伐轉向了質疑北伐。
中山艦事件後，國民黨內部逐漸形成蔣介石個人獨裁的局面。在北伐戰爭中國民黨內部的矛盾有了新的發展。蔣介石集黨權、政權、軍權于一身，專橫跋扈，憑藉武力指揮一切。共産國際對國民黨的革命性估計過高，同時過於相信蔣介石集團。特別是共産國際、聯共（布）對革命陣營內部鬥爭的尖銳性和蔣介石等人迅速叛變革命的可能性缺乏認識。這對中共中央的領導人陳獨秀産生很大的影響。在中山艦事件上，陳獨秀就沒有看清事件的本質和蔣介石的陰謀，錯誤的認為是左派內部的許多誤會造成的。當蔣介石反革命勢力隨著北伐的勝利進軍日益膨脹，國民革命戰線內的鬥爭愈演愈烈之際，陳獨秀為首的中共中央卻很難適應複雜多變的局面，以致在右傾的道路上越走越遠。