中央環境保護督察，讓內蒙古警醒。2016年11月12日，中央第一環境保護督察組向內蒙古自治區黨委、政府反饋督察報告。督察反饋報告稱，“內蒙古自治區生態環境保護工作雖然取得明顯進展，但生態環境依然十分脆弱”“很多地方幹部沒有認識到綠水青山就是財富，一些地區生態破壞情況令人心痛”。
有的地方一年沒有研究過環境保護問題
呼倫貝爾北方藥業有限公司異味擾民問題長期存在，2013年以來，自治區各級環保部門共收到關於北方藥業的投訴達143件。現場督察時，廠內腐臭撲鼻，生力源肥業違規填埋北方藥業産生的廢菌渣，性質惡劣。
烏海及周邊地區煤田（煤礦）自燃污染環境問題嚴重，2012年以來自治區煤田（煤礦）滅火工程基本處於停滯狀態，滅火工程排土場管理和礦區回填等生態修復工作處於無人監管狀態。
包頭危廢綜合處置中心建成後長期不能正常運作，全區大量有色金屬冶煉廢渣未得到及時處置，存在環境風險。工業園區亟待清理整治，64個自治區級以上園區中，29個未建設集中式污水處理設施，31個未建設集中供熱設施，大多數園區未配套建設正規渣場。
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今年7月14日至8月14日，中央第一環境保護督察組對內蒙古自治區開展了環境保護督察，發現一些地區生態破壞情況令人心痛。督察中發現，2013年以來，半數盟市黨委常委會很少專題研究環境保護，有的甚至一年間沒有研究環境保護問題。內蒙古不少同志不僅沒有認識到生態環境面臨的嚴峻形勢，反而認為全區環境容量大，環境不會出問題。
一些地方幹部對生態環境脆弱性、環境保護緊迫性和艱巨性的認識不到位，導致一些地區生態破壞情況嚴重。錫林郭勒、呼倫貝爾有中國最美的草原，但在2002年以後，大規模在草原腹地發展煤化工、電解鋁、火電等産業，造成草原千瘡百孔，排放污染物嚴重，地下水位下降，工礦企業與牧民矛盾突出。目前內蒙古煤炭、煤化工、電解鋁、火電等産能嚴重過剩，不僅投資效益不佳，而且留下了許多“爛尾工程”。
2004年在內蒙古政協會上，30多名科教文藝界委員聯名提案，要求禁止在錫林郭勒、呼倫貝爾草原腹地進行礦産開發。但這樣的呼籲，被當地一些環保意識淡漠的幹部置若罔聞。一位政協委員説，開發商包括部分央企“像蚊子一樣盯著資源，像蒼蠅一樣圍著官員”。
督察反饋報告指出，（開發）有利於發揮資源優勢，但在産業空間佈局、可持續發展和保護生態環境方面研究不夠，在産業環境風險控制方面措施不多，已對生態環境造成不良影響。
水和大氣污染防治工作推進滯後
督察報告透露，內蒙古89個國家和自治區級自然保護區中有41個存在違法違規情況，涉及企業663家，且礦山環境治理普遍尚未開展。大青山、西鄂爾多斯、甘草等國家或自治區級自然保護區內大量採礦企業直到2016年上半年才停止生産。自治區有關職能部門違規在自然保護區內辦理採礦證，甚至到2015年5月十部委聯合印發《關於進一步加強涉及自然保護區開發建設活動監督管理的通知》後，相關部門仍對甘草保護區25宗採礦權審批續證。2014年和2015年，國土部門和環保部門違規審批位於蒙格罕山自然保護區的採石場項目。
另外，錫林郭勒草原國家級自然保護區3家企業未按自治區環保廳要求啟動退出機制。呼倫貝爾、鄂爾多斯存在違規佔用天然草地問題。鄂爾多斯遺鷗國家級自然保護區生態功能已基本喪失。
此外，督察還發現，內蒙古存在“好水減少，差水增多”的問題。2015年，全區90個地表水斷面中，達標斷面同比下降7.7個百分點，劣V類斷面同比上升3.1個百分點。其中，黃河支流12個斷面中的5個、西遼河流域14個斷面中的7個水質持續惡化。內蒙古地下水超採問題突出，通遼、呼和浩特、包頭等多個盟市地下水水位下降明顯。大量企業違規使用水資源，城鎮生活污水處理不到位等問題突出，進一步加劇全區水環境保護嚴峻形勢。與此同時，部分大氣污染防治任務進展較慢，全區尚有10家企業22台火電機組未安裝脫硫設施，其中呼倫貝爾市多家企業長期超標排放。截至2015年年底，全區城市建成區仍有654台每小時10蒸噸及以下老舊鍋爐尚未淘汰。7家企業自備火電廠違規開工，總裝機容量達511萬千瓦。
呼倫貝爾市的呼倫湖、巴彥淖爾市的烏梁素海、烏蘭察布市的岱海湖是內蒙古的三大淡水湖，對於水資源缺乏的內蒙古彌足珍貴。督察發現，三大湖生態功能恢復任務十分艱巨。截至督察組進駐時，2016年2月國家批准的呼倫湖綜合治理實施方案項目資金尚未落實，2016年治理任務難以完成。烏梁素海治理工作主要通過淩汛補水，綜合治理規劃尚未批准實施，農業面源治理不力，保護區內未經環評審批擅自開工佔地5000余畝的養殖及其配套工程。岱海湖流域生態退化嚴重，湖面急劇萎縮，水質逐年惡化。群眾多年反映，京能岱海火電廠工業廢水直排岱海，但目前相關市縣尚未採取有力措施，自治區尚未批准實施岱海湖綜合治理規劃。
督查風暴期待換回綠水青山
督察反饋報告稱，內蒙古自治區高度重視中央環境保護督察工作，按照邊督邊改要求，嚴查嚴處督察組交辦的群眾舉報案件，並向社會公開。截至目前，共辦結環境問題舉報1637個，關停取締違法企業362家，立案處罰206件，拘留57人，約談238人，問責280人。
督察組在通報督察情況的同時，移送督察發現的問題線索，內蒙古自治區主要領導當面簽收。督察要求內蒙古自治區黨委、政府根據《環境保護督察方案（試行）》要求，抓緊研究制定整改方案，在30個工作日內報送國務院。整改方案和整改落實情況要按照有關規定，及時向社會公開。
內蒙古自治區黨委書記李紀恒表示，內蒙古成立整改工作領導小組，對所有問題都不等不拖、立即整改、全面整改，不留死角、不留盲區。拉出問題清單，挂賬督辦，跟蹤問效，動真的、碰硬的、來實的，整改一個、銷號一個、驗收一個，確保事事有回音、件件有著落。對中央環保督察組移交的案件線索，立即查清事實、分清責任，依法依規嚴肅追究責任。