中央第十巡視組對國家宗教局開展巡視後，國家宗教局黨組對巡視反饋意見高度重視，成立了巡視整改工作領導小組，多次召開黨組會、專題民主生活會，對照巡視發現的問題，深刻剖析、認真整改，制定《局黨組關於落實中央巡視整改任務的實施方案》，明確整改問題清單、任務清單和責任清單，梳理出37個重點問題、86項重點任務，通過整改問題、健全制度，進一步推動主體責任落實。
立行立改，解決突出問題。召開研究整改工作的各類會議39次，開展黨的建設缺失、黨的組織生活不規範、黨費繳納、賬外賬和賬外資産、選人用人等5項專項整治工作，清退違規發放購物卡款、違規發放審稿費、違規用餐費等155萬餘元。
嚴格執紀，促進作風轉變。巡視期間及巡視整改期間，共處理違紀違規人員32人。其中，巡視期間處理的9名幹部中，3人予以黨紀政紀處分，1人予以誡勉，1人予以辭退，2人予以批評教育，並追究2名部門負責人的領導責任。巡視整改期間處理的23名幹部中，4人予以黨紀政紀處分，7人予以通報批評，3人予以組織處理，9人予以批評教育等。
健全機構，加強紀檢力量。機關黨委增設紀檢監察室，負責對國家宗教局系統黨員幹部的監督管理工作和行政監察工作。加強紀檢工作力量，為機關紀委配備1名副司級領導和2名幹部，並將紀檢工作經費列入行政經費預算。明確機關紀委委員職責分工，加強對各部門各單位紀檢工作的指導監督。（駐中央統戰部紀檢組）