光緒三十四年十月二十二日，慈禧太后死於北京西苑的儀鸞殿。李蓮英辦理完慈禧太后的喪事，于宣統元年的二月初二，離開生活了51年的皇宮。內宮主政的隆裕太后，準其“原品休致”，就是帶原薪退休。

李蓮英死於宣統三年，時年64歲。他死時，得到了清朝宮廷的1000兩白銀，在北京恩濟莊的太監墓地修造了一座豪華墳墓。不過在30年前被破壞了，只有墓誌銘的拓片還保留了下來。

光緒十二年四月十三日，醇親王奕譞抵達天津，會同李鴻章一起乘軍艦出海，先後檢閱了大沽、旅順口、威海衛、煙臺等處，五月初一回到北京復命交差。