975年，孔令輝在哈爾濱出生。父親孔祥智是黑龍江省隊的乒乓球運動員、母親谷淑霞是一位教師。在父親的影響下，6歲開始正式學習打球，為了從小培養他敢拼強手的心理狀態，孔祥智還打破少年隊員訓練的常規，讓他和大孩子一起訓練、打比賽，然後總結得失。

20世紀80年代，正是在中國乒乓球處於低谷的時候，尤其是男子乒乓球隊遇到了非常大的困難，中國直拍快攻打法受到歐洲橫拍打法的嚴重威脅，成績滑坡。

由此，當時國家組建了一批12-15年齡組的國家青年隊，就是娃娃兵，他們的任務就是要在下一個時期衝擊世界冠軍，孔祥智將僅有12歲的孔令輝依依不捨地送進了國家隊，當時還有後來成為孔令輝的好友劉國梁。20世紀90年代以後，這批娃娃兵承擔了中國乒乓球在世界舞臺上摘金奪銀的重任。