水質保證是每一個供水工程中很重要的一環。廣東粵港供水有限公司水環境監測中心目前肩負著東深供水工程沿線的水質監測、分析評價、沿線污染源監控和水質科研工作，捍衛東深供水的水質安全。同時作為粵海水務集團的中心實驗室，還具有為水司提供技術支援和監控水司水質狀況等職能。
廣東粵港供水有限公司水環境監測中心中心實驗室面積約1200平方米，配備氣相色譜質譜儀（GC-MS） 、液相色譜串聯質譜儀（LC-MS/MS） 、電感耦合電漿體質譜儀（ICP-MS） 等大型國際先進儀器設備，設備價值逾3000萬元。中心2011年初導入ISO17025國際標準體系，2012年成功獲得CNAS實驗室認可證書（註冊號：CNAS L5586），已獲認可項目超過350項。目前中心檢測能力不僅完全覆蓋國內地表水、飲用水、污水三大水質標準，還擴展至標準外熱點項目及世衛組織飲用水衛生準則檢測指標，檢測能力達500余項。
粵海水務集團依託實驗室資訊管理系統（LIMS），構建以水環境監測中心為核心，輻射各水司的全方位水質監測網，對水司進行全流程水質監測與防控，實現水質監控集團化部署，實驗室檢測智慧化、資訊化全流程管理。
