另一類是生理原因，鯨魚身體上偶爾會有寄生蟲，干擾它們的耳蝸，導致無法正常游動，最終擱淺。

圖為2012年10月8日，南非開普敦，一頭鯨魚在Muizenberg海灘擱淺死亡。