黃山自然環境條件複雜，生態系統穩定平衡，植物垂直分帶明顯，群落完整，還保存有高山沼澤和高山草甸各一處，是綠色植物薈萃之地，森林覆蓋率為56%，植被覆蓋率達83%。黃山野生植物有1452種，黃山上屬國家一類保護的有水杉，二類保護的有銀杏等4種，三類保護的8種，有石斛等10個物種屬瀕臨滅絕的物種，6種為中國特有種，黃山特有2種，首次在黃山發現或以黃山命名的植物有28種，尤以名茶“黃山毛峰”、名藥“黃山靈芝”馳名中外。 黃山動物種類300多種，有梅花鹿、黑麂、毛冠鹿、蘇門羚、長尾雉等14種中國國家級保護的野生動物。
