黑龍江流域自8世紀中國唐朝起是中國的內河，後成為遼國疆域，一直到元朝是中國領土，隸屬嶺北行省和遼陽行省，中國元朝軍隊在此駐紮，成為元朝內河。明朝至清朝時為中國領土。在中國清朝時期黑龍江流域部分屬黑龍江將軍轄區，流域部分屬吉林將軍轄區：1652年，清廷派兵駐守，寧古塔、盛京兩昂邦章京並存，東北地區被劃分為兩大軍事駐防區域，也為兩個行政區域。
習慣上將黑龍江分成上、中、下游3段。上游始於石勒喀河與額爾古納河匯流處，終於結雅河口（在西伯利亞城市海蘭泡），長約880公里（550哩）。中游從結雅河延伸至哈巴羅夫斯克，長約960公里（600哩）。從哈巴羅夫斯克至河口為下游，長亦約為960公里。
