日本是一個高度集權的單一制國家，目前，全國劃分為47個都、道、府、縣，為地方政府，其中包括1都（東京都）、1道（北海道）、2府（京都與大阪）和43個縣；以下為基層政府，截至1998年3 月31 日，日本共有670個市， 1996個町， 566個村， 23個特別區。市町村一級人口最多的是橫濱市，300多萬，最少的富山村，2100人。在市、町、村中，市屬於城市性質的基層政權，而町與村都屬於農村基層政權組織，其中町與村相比較，更加具有城市的色彩，但在人口規模、中心城市主戶佔整個城市人口的比例、工商業規模、城市硬體條件等指標上與市有很大差別。町、村的設置條件由各都、道、府、縣自行確定，因而各地的標準各異。日本基層政府中町的數量最多，其性質相當於我國的鎮。町的設置一般以人口5000人以上、工商業人口占60%以上為標準。村的設置不受條件限制，但並不屬於自然村落，而是行政村。

在組織結構上，日本的基層政府基本上實行議行分離制度。以町村為例，其議事和權力機關由町村議會組成，下設各種委員會作為行使職權的機構。議員和議長、副議長由居民直接選舉産生，任期4年；執行機關是由居民直接選舉産生的町、村長以及各種執行委員會組成，町、村長任期4年。從町村與町村議會的關係看，兩者之間存在一定的分權與制衡關係，這與法國的市鎮長與市鎮議會的關係相類似；不同的是，法國的市鎮長是由市鎮議會選舉産生，而日本的町村長卻是由全體居民直接選舉産生。町村長處於權力中心的位置。目前，日本的基層政府具有以下特點：

第一，基層政府自治受到上級或中央的制約。日本的地方政府自治非常接近法國，實行議行分離制，但是，地方自治在理論與實踐上存在著一定的落差，被日本學者稱為 “三分自治，七分集權”。戰後，日本對《地方自治法》的多次修改，強化了中央政府對地方的控制權。隨著市町村的合併，隨著國家採用的財政控制手段的日趨成熟，地方政府處理的大量事務都是受國家委託。例如，町村長既對町村事務負重要責任，也執行國家和其他公共全體委託的的事務，町村長往往具有雙重地位，這一地位確保了中央或上級政府對基層的指揮和監督；在立法上，町村不得違反都、道、府、縣條例而處理事務或者立法，當都、道、府、縣知事認為下轄的町村長違反法令或執行法令不力，可以以書面形式指責，限期改正，否則，町村長有可能被撤換或者被告上法庭；在財政上，國家以稅收或轉移支付等方式控制地方，由此許多基層政府的收入70%左右來自國家的財政支援，由於在財源上長期依賴中央政府，近年來，日本基層政府債務一直持上升狀態。

第二，基層政府行政官員必須嚴守政治中立。在日本，基層的黨組織極為薄弱，因此，政黨政治對日本基層影響力不大。雖然自民黨在基層有以黨員議員為中心的“後援會”組織，甚至町村長也可能是其成員，然而，日本法律規定，市町村的政府官員必須嚴守政治中立，嚴格依法辦事，否則將會受到法律制裁。同時法律也規定，市町村的選舉委員會、人事委員會等機構不能有政黨壟斷的現象，任何政黨或團體參與這些機構的成員不能超過1名，其目的是保持這些組織在政治上的獨立性、公正性。

第三，集落與町內會等非政府群眾自治性組織發揮著重要的作用。集落是日本農村的古老組織，相當於中國的自然村，這些組織在日本戰前執行著政府委託的許多職責。戰後，雖然集落組織一度被美軍所取消，但在市、町、村的不斷合併過程中，隨著管轄人口與地域的擴大，町村難以把大量的工作直接貫徹到居民中間，集落得到了復興，履行了鄉村居民群眾自治的組織功能。而町內會、自治會則是城鎮居民的組織，其前身是戰時城鎮的鄰保組織，町內會是城鎮中老住戶的組織，而自治會則是新住戶的組織。目前，日本全國大約有28萬個町內會和自治會。集落、町內會、自治會雖然不是政權組織，與市、町、村沒有上下級關係，但承擔或協助基層政府從事了大量社會組織與公共服務的工作，成為基層政府的得力助手。甚至，基層政府還給這些組織每年提供財政上的資助。為了加強協作、交流經驗，日本有些地方還成立了町內會、自治會的聯合會組織。

第四，農業協同組合（農協）對基層政府影響巨大。農業協同組合是自民黨影響下全國最大的農業和農民利益團體，全國農民幾乎都是它的成員。農協按照日本的行政體系建立其組織體系，有全國農協、地方農協和基層農協。基層農協大小不等，有的是一個町或村有幾個農協組織，有的是幾個町、村一個農協，全國3000多個市町村差不多都有農協或其支所。農協在基層非常活躍，其作用主要體現在為農民在生産上提供産、供、銷一條龍服務，不僅如此，農協對基層政治影響重大，甚至影響到日本的農業政策與全國性政治。