2002年5月22日,阿卡耶夫總統在比什凱克主持召開了吉安全委員會會議。會上宣佈了對3月17日吉南部阿克瑟區發生的警察向示威群眾開槍事件的結論。巴基耶夫在會上表示,他對此事件負有不可推卸的責任,因此決定引咎辭職。
在24日吉發生政治事變後,巴基耶夫被臨時出面主持工作的吉上屆兩院制議會選舉為代總統和代總理。吉爾吉斯斯坦新議會在28日下午舉行的會議上通過任命巴基耶夫為吉總理的決定。根據吉憲法,在總統因故不能行使權力時,總理將代行國家最高領導人的職能。