理解科學精神有多種角度，其中最重要的角度之一就是理解科學精神的人文性，即理解科學精神與人文精神之間的深刻關聯。正如瓦托夫斯基所説的，“從哲學的最美好最深刻的意義上説，對科學的人文學理解，就是對科學的哲學理解”（M.W.瓦托夫斯基：《科學思想的概念基礎——科學哲學導論》，求實出版社，1982，第588頁）。對科學精神的理解也應當如此。

我在1996年提出“科學精神本身就是一種人文精神，或者更確切地説，是人文精神不可分割的重要組成部分”的觀點，這一觀點曾經在學術界引起討論，有學者感到疑惑不解。不能理解科學精神的人文性之根本原因，在很大程度上還是在於受狹隘的實證主義科學觀和功利主義科學觀的束縛。在實證主義的視野中，科學往往被簡單地等同於純粹的客觀事實，於是科學精神仿佛成了“客觀事實”的精神，而不是人的精神或科學家的精神。同樣，在功利主義的視野中，科學往往被簡單地看作是一種“工具”或“工具理性”，於是科學精神仿佛成了“工具”或“工具理性”的精神，又不是人的精神或科學家的精神了。從這樣的觀念出發，人們很容易將科學精神與人文精神截然區分開來，甚至對立起來。

其實，科學同藝術等文化活動一樣，也是一種人類的歷史的活動，因而不僅具有歷史性，而且也具有人文性。愛因斯坦的一段話非常有助於我們理解科學和科學精神的人文性，他説，“音樂和物理學領域中的研究工作在起源上是不同的，可是被共同的目標聯繫著，這就是對表達未知的東西的企求”。“這個世界可以由音樂的音符組成，也可以由數學的公式組成。我們試圖創造合理的世界圖像，……”（《愛因斯坦文集》（第一卷），商務印書館，1976，第284—285頁）這就是説，藝術和科學都是人對世界的描繪，都是人所創造的“世界圖像”，只不過是二者所運用的語言和手段不一樣。

經過多年來關於科學精神與人文精神的討論，人們似乎正在逐漸形成一種共識，即認為科學與人文都是人類文化不可缺少的重要組成部分，科學精神與人文精神都是人類不可缺少的重要的文化精神，不能讓這兩種文化和兩種精神相互分離和相互對立，而應當促進其相互融合併和諧發展。可是，由於受各種狹隘的科學觀和文化觀的影響，學術界依然存在著一種傾向，那就是將統一的人類文化人為地切割為截然不同的兩個世界，即科學（認識）世界和人文（體驗）世界，而看不到科學精神與人文精神之間內在的深刻關聯。

我認為，科學與人文兩種文化和兩種精神的融合應當是內在的，而不是外在的。科學與人文之間本身有著內在的深刻關聯，因此，要真正促進其相互融合併和諧發展，關鍵還在於，要深刻理解科學與人文之間的內在關聯，特別是深刻理解科學精神的人文性。離開科學與人文之間的內在關聯，離開科學精神的人文性，來談論兩種文化和兩種精神的融合，其結果顯然是抽象的和空洞的。

當然，我們強調理解科學精神的人文性，強調科學精神與人文精神之間的內在關聯，並不是要否認科學精神與藝術、道德等其他文化精神的差異和區別。事實上，科學精神與藝術、道德等其他文化精神的差異和區別是顯而易見的。例如，科學更多地表現為求真，藝術更多地表現為求美，道德則更多地表現為求善；科學更多地側重於促進人的理智發展，而藝術和道德則更多地側重於提高人的情感修養；科學更多地強調邏輯與實證，而藝術和道德則更多地強調直覺與體驗；等等。

然而，應當看到，這種差異和區別並不能抹去科學精神的人文性，相反，它們從各個角度揭示了科學精神所獨有的人文性，這種人文性正是別的文化精神所缺少的。科學精神同藝術精神、道德精神等其他文化精神不僅在追求真善美的最高境界上是相通的，而且不可分割地聯繫在一起。如果我們將人文精神看做是整個人類文化所體現的最根本的精神（它以追求真善美等崇高的價值理想為核心，以人的自由和全面發展為終極目的），那麼，科學精神同藝術精神、道德精神等其他文化精神一樣，也是人文精神不可分割的重要組成部分。