黨的十一屆三中全會以後，我們黨依據對時代和國家安全形勢的科學判斷，正確制定了包含國家安全戰略和發展戰略在內的總體戰略，確立了國防建設與經濟建設協調發展的基本方針，國民經濟迅速發展，國防建設也取得了與日俱增的軍事效益和社會經濟效益。由此可見，改革開放以來我國國防建設與經濟建設的關係總體上處在比較融洽的狀態。不過，這種協調主要反映在國家總體戰略目標的協調，如果以科學發展觀的理念全面審視二者的關係，我們就會發現，在資源配置、機制體制這兩個層面，還存在著一些亟待解決的問題。
國防建設投入規模問題
國防建設投入包括人力、物力和財力三方面的投入，但主要形式是國防費投入，它是資源分配協調與否的集中體現。多年來，黨中央、國務院一直很關心、重視國防和軍隊建設。尤其在1990年代中期以來，國防費總量增長較快，到2003年總額為1853億元，約合224億美元，佔GDP的1.69％，佔國家財政的7.8%，國防費投入不足的狀況有所改觀。但由於歷史積累、世界新軍事變革推進速度加快等原因，我國現有的投入水準仍然偏低。
根據 2002年中國國防白皮書，我國國防費絕對額只有美國的5.9 %，日本的50.4%，英國的58.6%。同時，與世界絕大多數國家的軍事開支額相比，我國也處在較低水準。冷戰結束後十多年來，世界國防費佔全球GDP的平均比重一般在2.5%—2.7％，近年來平均為2.6%，而我國2003年僅為1.69%，比世界平均水準低不少。
如果用軍人每人平均軍費支出額的標準衡量，我國與國外的差距更大。2002年我國的軍人每人平均軍費為8192美元，美國為24萬美元，英國為11萬美元，法國和德國都是10萬多美元。這就是説，在軍人每人平均軍費支出上，美國是我國的29倍，英、法、德等國是我們的13倍。如此大的差距説明在軍事變革這一決定國防和軍事實力的特殊競爭中，我國在資源保障條件方面處於絕對劣勢地位。軍人每人平均軍費支出額指標是衡量軍事變革資源支撐力度的關鍵性指標。目前，世界各國軍人每人平均軍費開支大致可以分為四種類型，一類是軍事超強型，軍人每人平均軍費一般達到20萬美元以上，符合這一條件的目前只有美國；二類是軍事強大型，軍人每人平均軍費6萬美元以上，英國、法國、德國、義大利等國屬於這一范疇；三類是軍事快速發展型，軍人每人平均軍費一般在2萬美元以上，以色列、南韓、中國台灣地區均在這一資源線以上；四類是軍事維持和略有發展型，軍人每人平均軍費一般為2萬美元以下，印度、埃及、巴基斯坦、土耳其和中國大陸等屬於這類國家。世界上公認的軍隊建設由從機械化開始向資訊化轉變，軍人每人平均軍費需要達到2萬美元以上。而我軍2002年軍人每人平均軍費才8000美元多一點，離2萬美元的標準還有相當大的差距。
這説明，與世界新軍事變革先行國家相比，與一些軍事大國和我國周邊有的國家和地區相比，我國國防建設投入相對規模還未達到應有水準，與打贏資訊化戰爭條件下的局部戰爭，維護國家安全和統一的實際需求之間還有相當的差距。
國防建設投入效益問題
國防費效益是制約國防建設與經濟建設協調發展的重大問題。如果效益不高，既定的國防投入就不會産生應有的軍事效益；反過來，國防部門就會向國民經濟部門索要和消耗更多的資源，從而加重防務負擔，導致國防建設與經濟建設資源佔有關係的失調。
目前，我國國防費效益中存在著一些不可忽視的問題：一是人員費與裝備費、研發費的比例不合理。根據我國近年公佈的國防白皮書，2000年—2002年我軍人員生活費、活動維持費和裝備費大約各佔1/3。我國的國防科研投入比重也比較低。所有維持性開支比例高達2/3。即使在有限的裝備費投入中，也有相當大的部分用於技術水準較低的一般裝備的維護，而真正用於新裝備的研製、採購的費用較少。尤其值得注意的是，裝備購置費等比例偏低，制約了我軍武器裝備向高科技跨越性發展。二是軍兵種費用結構不合理。目前，隨著軍事變革的深入發展，各發達國家不斷壓縮陸軍經費比重，擴大海空軍等高技術軍兵種的投入比重，陸軍佔總軍費支出的比例一般不超過1/3。日本陸軍的比重最高，但目前也只有38%左右。我國陸軍軍費所佔比重仍然偏高，海空軍和二炮的經費投入仍然偏低。我國軍費還沒有形成新軍事變革所要求的費用結構，與世界絕大多數軍事變革的先行國家相比仍有很大差距。三是軍事人才建設投入不足。四是軍費保障範圍太大。目前外軍已經把大量的社會性服務保障交給民間機構，如美國的五角大樓有1萬多個停車位，有2萬多軍官和文職人員辦公、生活，但也只設立了一個16人的辦公室負責協調指揮，所有保障都由民間公司承包。而我國軍費的保障範圍一直很寬，管了很多本應由社會管的事情。五是仍不同程度地存在著盲目投資、重復建設等問題，管理效益仍然有待提高。
國防建設體系與
經濟建設體系相容性問題
在相容發展方面，我們取得了很大的成效。但用現代經濟發展的標準看，我國國防建設體系和經濟建設體系在總體上還是“兩張皮”，還處在軍民分割、自成體系的狀態，國防建設總體上還是在經濟建設的“體外迴圈”。在國防建設中貫徹經濟建設要求的方面，主要問題是國防科技工業相對封閉，自我發展，是一種研發能力、總成能力兩頭小而自成體系的加工製造能力一頭獨大的傳統“橄欖型結構”，而不是一種緊緊依託民用工業體系的現代“啞鈴型結構”。另一方面，國民經濟在結構、佈局、體制、技術、人才培養等方面還不能很好地兼顧國防建設的要求。在這方面，我們還沒有立法。而世界很多國家已有十分成熟和規範的做法。比如，根據英國有關法律規定：高速公路必須每150公里修一個飛機跑道；所有大、中型船舶設計，儘量體現軍用要求，設計最後必須經過國防大臣和軍交部長簽字以後才能通過。南韓也把2007年交付使用的兩艘大型運輸船，設計為軍民兩用型，戰時不用改裝即可成為容納700名士兵、10架直升機和10多輛戰車的輕型航母。就連我國的台灣，在修建從基隆到高雄的300公里高速路上，也建了5條備用的飛機跑道，平均每60公里一個戰備機場跑道。相比之下，我們的差距很大。
