以市場為導向，以效益為中心，以企業為主體，以政策為手段，以試點為抓手，以政府為助力來推進，這是商務部的基本工作思路。

以市場為導向，就是在市場經濟條件下，堅決地按照市場規律辦事，發揮市場配置資源的基礎性作用；以效益為中心，就是使“萬村千鄉”市場工程的實施主體有盈利，提高他們的積極性，同時注重社會效益和農民真正受益；以企業為主體，就是依靠有實力的大中型流通企業來實施，政府尤其是中央政府不越俎代庖；以政策為手段，就是對納入“萬村千鄉”市場工程試點的企業，予以一定的政策支援，推進其進入農村市場；以試點為抓手，就是通過試點再推廣的方式，有步驟地推動這項工作；以政府為助力，就是政府主要通過規劃、協調相關政策、服務引導等形式參與這項工程。