高等教育穩步發展。到2003年底，全國共有高等學校2003所，在校學生達1900萬人，高等教育毛入學率約17％，進入了國際公認的大眾化教育階段。聯合國教科文組織在2003年6月23日發表的一份有關世界高等教育情況的報告中指出：中國高等學校在校生人數在過去非常短的時間裏翻了一番，高等教育規模躍居世界第一。

初具規模的高等教育體系，經過近年來的改革得以進一步完善。一項打造100所世界一流大學的工程始於1993年，已有708所高校經合併組建為302所多學科或綜合性學校，其中包括中央工藝美術學院被併入中國最負盛名的學府之一清華大學，有百餘年曆史的北京大學與全國最好的醫科院校北京醫科大學實現聯手。高校合併使高等教育管理體制實現了深刻變革，教育資源得到優化配置，教學品質和辦學水準均有進一步提高。國家還設立專項資金重點支援若干所大學進入國際先進行列，獲支援的學校達30多所。

高等院校擴大招生規模已持續數年。1999年至2002年，招生人數從160萬增加到320萬。2003年，全國普通高校招生382萬人，比上年增加62萬人；高校和科研院所招收研究生26.9萬人，比上年增加6.6萬人。2004年，研究生招生總規模進一步擴大，計劃招收33萬人，比上年增長22.7%。

高等學校科研實力逐漸增強，對國家經濟建設和社會發展的貢獻日益凸現。高校生産教學科研諸方面加強合作，使科技成果轉化速度加快，涌現出一批高新科技企業和重大科技創新産品。到2003年底，經認定和啟動建設的國家大學科技園有43家，其中一些科技園已成為高新技術成果轉化的重要基地。