中國第一個自然保護區為1956年劃定的廣東肇慶鼎湖山自然保護區。到2003年底，全國累計建立各類自然保護區1551處，總面積為14472萬公頃，佔陸地國土面積的14.4%。這些自然保護區使全國88％的陸地生態系統類型、87％的野生動物種群、65％的高等植物群落、近20％的天然林、50％的沼澤濕地，以及國家重點保護的300多種珍稀瀕危野生動物的主要棲息地和130多種珍貴樹木的主要分佈地得到有效保護。

2000年8月設立的三江源自然保護區是中國面積最大（總面積31.6萬平方公里）、海拔最高（平均海拔4000多米）、生物多樣性最集中的保護區。該保護區地處青藏高原腹地，位於長江、黃河和瀾滄江的源頭地區。2003年啟動的“三江源”保護工程全部由國家投資，投資額約2.2億元。自然保護區最多的省份是雲南，有157個，面積達到299萬公頃。四川的臥龍和九寨溝、吉林的長白山、廣東的鼎湖山、甘肅白水江等22處自然保護區，被聯合國教科文組織列為“世界生物圈保護區”。